益生菌服用时间因菌株和人群而异，部分菌株空腹吃好，多数菌株及儿童、老年人、有胃部疾病人群一般饭后吃，空腹时部分菌株易达肠道，多数菌株、儿童等饭后服可避胃酸破坏以更好发挥作用。
一、益生菌空腹吃的情况
（一）部分益生菌菌株
有些益生菌菌株在空腹时服用可能效果较好，例如鼠李糖乳杆菌GG（LGG）。研究发现，LGG在空腹状态下服用，能更快地通过胃酸环境到达肠道发挥作用。因为空腹时胃酸分泌相对较少，对这类益生菌菌株的破坏相对较小，使其更易到达肠道定植。
二、益生菌饭后吃的情况
（一）大多数益生菌菌株
对于大多数常见的益生菌菌株而言，饭后服用可能更合适。饭后胃酸浓度会降低，而且食物可以在一定程度上缓冲胃酸，减少胃酸对益生菌的杀伤作用。比如双歧杆菌等常见益生菌，饭后服用能让更多的益生菌到达肠道发挥调节肠道菌群、改善消化等功能。以正常成年人为例，饭后半小时到一小时左右服用益生菌，能更好地保护益生菌存活到肠道部位。
三、特殊人群的情况
（一）儿童
儿童的消化系统发育尚未完善，一般建议饭后服用益生菌。例如婴幼儿，饭后服用可以减少胃酸对益生菌的影响，提高益生菌到达肠道的存活率。因为婴幼儿胃酸分泌相对不稳定，饭后服用能在一定程度上避免胃酸过度破坏益生菌。对于年龄稍大的儿童，同样考虑到饭后胃酸环境更适宜益生菌存活，所以也建议饭后服用。
（二）老年人
老年人胃酸分泌往往会减少，但也有部分老年人胃酸分泌可能仍处于相对较高状态。一般建议老年人饭后服用益生菌，尤其是本身有胃部不适或者消化功能较弱的老年人。饭后服用能利用食物缓冲胃酸，让益生菌更好地到达肠道发挥调节肠道菌群、改善消化功能、增强免疫力等作用，比如帮助老年人改善因肠道菌群失调引起的便秘、腹泻等问题。
（三）有胃部疾病的人群
如果患有胃溃疡、胃炎等胃部疾病的人群，胃酸分泌情况可能异常。一般建议这类人群饭后服用益生菌，因为饭后胃酸被食物稀释，可降低胃酸对益生菌的影响，同时也避免益生菌在胃酸过多情况下受到过度损伤，从而更好地发挥益生菌对肠道菌群调节等有益作用来辅助胃部疾病的康复等。
