抗生素使用会破坏肠道菌群平衡致肠道菌群失调影响儿童生长发育和老年人肠道功能、使细菌产生耐药性致严重感染时原本有效抗生素可能失控、引发部分人过敏反应且不同年龄段人群过敏情况有别、影响肝肾功能长期或大剂量使用可致肝肾功能损伤尤其对有基础肝肾功能不全人群和儿童影响更甚。
一、破坏肠道菌群平衡
肠道内存在着大量有益菌，抗生素在杀灭致病菌的同时，也会无差别地杀伤肠道中的有益菌，导致肠道菌群失调。例如，长期或不规范使用抗生素可能引发伪膜性肠炎等疾病。对于儿童来说，其肠道菌群尚处于发育阶段，抗生素对肠道菌群平衡的破坏可能会影响营养物质的消化吸收，进而影响生长发育；对于老年人，本身肠道菌群调节能力较弱，更易因抗生素使用出现肠道功能紊乱相关问题。
二、产生耐药性
细菌会在与抗生素的接触过程中逐渐产生耐药性。当细菌多次接触抗生素后，会通过基因突变等方式改变自身结构，使得抗生素无法有效发挥作用。一旦细菌普遍产生耐药性，在面临严重感染时，原本有效的抗生素可能不再能控制病情。在不同年龄人群中，不合理使用抗生素都可能加速耐药菌的产生，比如儿童感冒等常见疾病中，如果不恰当使用抗生素，就可能促使细菌耐药性的发展，而老年人本身可能患有多种基础疾病，一旦发生感染，耐药菌感染会大大增加治疗的难度。
三、引发过敏反应
部分人会对抗生素产生过敏反应，轻者可能出现皮疹、瘙痒等症状，重者可导致过敏性休克，危及生命。不同年龄段人群发生过敏反应的概率和严重程度有所不同，例如，儿童可能因自身免疫系统发育不完善，对某些抗生素更易出现过敏情况；老年人由于机体功能衰退，过敏反应的表现可能不典型，但一旦发生往往较为严重。常见的容易引起过敏的抗生素有青霉素类等，在使用这类抗生素前通常需要进行皮试等过敏筛查，但即使皮试阴性，也不能完全排除过敏反应的发生。
四、影响肝肾功能
某些抗生素需要经过肝脏代谢、肾脏排泄，长期或大剂量使用可能会加重肝肾功能负担，导致肝肾功能损伤。比如氨基糖苷类抗生素具有一定的肾毒性，长期使用可能引起肾小管损伤等；大环内酯类抗生素可能对肝脏有一定影响，导致肝功能异常。对于有基础肝肾功能不全的人群，如本身患有肝炎、肾炎的患者，使用抗生素时需要更加谨慎，因为其肝肾功能已受损，更容易因抗生素的使用而进一步加重损伤；儿童的肝肾功能还在不断发育成熟过程中，不合理使用抗生素也可能对其肝肾功能造成不良影响。
