根管治疗本身一般无危害，但过程中可能局部疼痛、器械分离，治疗后可能牙齿劈裂、根尖周组织炎症持续或复发、牙周组织损伤，治疗过程中复杂牙齿情况及患者自身状况会影响这些情况发生，治疗后及时修复等可降低风险。
局部疼痛：在根管预备等操作时，部分患者可能会感到疼痛，尤其是牙髓未完全失活或者根管系统解剖复杂的情况。例如，对于一些根管弯曲、有钙化等情况的牙齿，根管预备的难度增加，可能导致操作过程中的疼痛，但这种疼痛通常在可耐受范围内，并且是为了彻底清除感染组织以保证治疗效果所必须经历的。对于儿童患者，由于其牙髓神经较为敏感，相对成人可能更易在治疗过程中出现疼痛反应，此时需要更加轻柔的操作来减轻不适。
器械分离：在根管治疗过程中，有可能出现器械分离在根管内的情况，虽然发生概率较低，但一旦出现需要进一步的复杂处理来取出分离的器械，如采用显微外科等手段，但随着牙科显微技术的应用，这种情况的发生率已大大降低。对于有根管钙化、弯曲等复杂情况的牙齿，发生器械分离的风险相对较高，在治疗前需要充分评估牙齿的解剖结构，选择合适的治疗方法和器械。
治疗后的情况
牙齿劈裂：根管治疗后的牙齿由于去除了部分牙髓组织，牙齿的脆性增加，在咬合力的作用下可能发生劈裂。尤其是根管治疗后没有及时进行全冠修复的牙齿，发生劈裂的风险更高。对于磨牙等承受咬合力较大的牙齿，根管治疗后及时进行全冠修复是预防牙齿劈裂的重要措施。不同年龄的患者，牙齿的硬度和承受咬合力的能力不同，儿童的牙齿相对较薄，在根管治疗后更要注意避免咬过硬的食物，并且及时进行冠修复。
根尖周组织炎症持续或复发：虽然根管治疗是为了清除根管内的感染物并促进根尖周组织愈合，但仍有少数情况会出现根尖周组织炎症持续不愈或复发。这可能是由于根管内感染物清除不彻底、遗漏根管等原因导致。例如，根管系统非常复杂，存在副根管、侧支根管等，若治疗时未能发现并处理这些额外的根管，就可能导致感染残留，引发根尖周炎症复发。对于有系统性疾病的患者，如糖尿病患者，其自身的免疫和愈合能力相对较弱，根尖周组织炎症复发的风险可能更高，在根管治疗前后需要积极控制基础疾病，以保证治疗效果。
牙周组织损伤：在根管治疗过程中，尤其是在进行根管预备时，可能会对牙周组织造成损伤，导致术后出现牙周炎症等情况。例如，器械穿出根尖孔可能会刺激牙周组织，引起牙周膜的炎症反应。对于有牙周基础疾病的患者，如牙周炎患者，根管治疗过程中更要谨慎操作，避免加重牙周组织的损伤，治疗后也需要加强牙周维护。
