金霉素与红霉素在药物类别与化学结构、抗菌谱、药代动力学、不良反应及临床应用方面均有不同。金霉素属四环素类抗生素，抗菌谱广但临床应用受限，口服吸收不完全，有多种不良反应且儿童慎用；红霉素属大环内酯类抗生素，对部分革兰阳性菌、阴性菌及非典型病原体有作用，口服吸收较好有肝肠循环，常见胃肠道反应，临床应用较广泛但需合理选用。
一、药物类别与化学结构方面
金霉素：属于四环素类抗生素，其化学结构为并四苯衍生物。
红霉素：属于大环内酯类抗生素，化学结构是由14元大环内酯环与去氧氨基糖和克拉定糖缩合而成的碱性苷。
二、抗菌谱方面
金霉素：对革兰阳性菌、革兰阴性菌、立克次体、衣原体、支原体、螺旋体等有抗菌作用，对沙眼衣原体等也有一定作用，但由于耐药菌株增多等原因，临床应用受限。
红霉素：对革兰阳性菌如金黄色葡萄球菌（包括耐青霉素菌株）、表皮葡萄球菌、链球菌等有较强的抗菌作用；对革兰阴性菌中的脑膜炎奈瑟菌、流感嗜血杆菌、百日咳鲍特菌等也有一定抗菌活性；对支原体、衣原体、螺旋体等也有作用。与金霉素相比，对革兰阳性菌的某些菌属抗菌活性有差异，且对非典型病原体如支原体等的作用特点也不同。
三、药代动力学方面
金霉素：口服吸收不完全，食物可影响其吸收，吸收后广泛分布于各组织和体液，能渗入胎儿循环和通过胎盘，也可分泌至乳汁中。主要经肾脏排泄。
红霉素：口服后在肠道中吸收，空腹服用吸收较好，胆汁排泄量较多，有肝肠循环，但其血药浓度相对金霉素可能有不同特点，分布情况也因药物特性而异。
四、不良反应方面
金霉素：可能引起胃肠道反应，如恶心、呕吐、腹泻等；长期或大剂量使用可能导致肝肾功能损害、二重感染等，对儿童等特殊人群可能影响牙齿和骨骼发育，因为四环素类药物可与钙结合，沉积在牙齿和骨骼中，造成牙齿黄染、牙釉质发育不良及骨骼生长抑制等，所以儿童应避免使用或慎用。
红霉素：常见胃肠道反应，如腹痛、腹泻、恶心、呕吐等，其肝毒性相对金霉素可能不同，个别患者可能出现肝功能异常等情况，一般停药后可恢复，但对于肝功能不全患者需谨慎使用，儿童使用时也需关注其耐受性等情况。
五、临床应用方面
金霉素：现在临床应用相对较少，可用于治疗一些特定的感染，但由于耐药等问题限制了其使用范围，比如眼部感染等曾有应用，但已被更合适的药物替代情况较多。
红霉素：可用于治疗链球菌引起的扁桃体炎、猩红热等，肺炎支原体肺炎、衣原体感染等非典型病原体感染，以及一些革兰阳性菌感染等，在临床中应用较为广泛，但需根据具体感染情况合理选用。
