胸腺肽常见副作用有过敏反应（部分人可出现，与个体过敏体质有关）、消化系统反应（可致恶心呕吐腹痛腹泻等，与用药剂量时间及个体胃肠道敏感性有关）、神经系统反应（少数人有头晕头痛等，机制不明）、其他反应（可能有发热，为药物致机体免疫应答致体温调节中枢紊乱）；特殊人群使用需注意儿童需格外谨慎严密监测，老年人各器官功能衰退易发生副作用要密切关注，过敏体质者使用几率增加使用前详问过敏史加强监测，有基础疾病者因代谢排泄受影响需更谨慎医生权衡利弊决定是否使用及调整剂量。
过敏反应：部分人群可能出现过敏，轻者表现为皮肤瘙痒、皮疹，严重时可出现呼吸困难、过敏性休克。有研究显示，约0.1%-0.5%的使用胸腺肽人群会发生过敏相关反应，这与个体的过敏体质有关，过敏体质者接触胸腺肽后免疫系统被激活，引发过度免疫反应。
消化系统反应：可能出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状。一般认为是药物刺激胃肠道黏膜，影响胃肠道正常的消化吸收功能所致，发生率约在1%-3%左右，通常与用药剂量、用药时间以及个体胃肠道敏感性有关，胃肠道较为敏感的人群更容易出现此类反应。
神经系统反应：少数人会出现头晕、头痛等症状，其具体机制尚不十分明确，可能与药物对神经系统的轻微影响有关，发生率相对较低，约在0.5%以下。
其他反应：还可能有发热等表现，可能是药物作为外源性物质引起机体的免疫应答，导致体温调节中枢功能暂时紊乱，一般为低热，体温多在37.5℃-38.5℃之间，发生率较低。
特殊人群使用胸腺肽的注意事项
儿童：儿童使用胸腺肽需格外谨慎，由于儿童免疫系统发育尚未完全成熟，使用胸腺肽发生副作用的风险可能相对更高。目前不建议低龄儿童常规使用胸腺肽，若病情确实需要使用，应在严密监测下进行，密切观察是否出现过敏、消化系统等方面的反应，一旦出现异常应立即停药并采取相应治疗措施。
老年人：老年人各器官功能逐渐衰退，包括肝脏和肾脏的代谢、排泄功能。使用胸腺肽时，药物在体内的代谢过程可能会受到影响，更容易发生副作用。要密切关注老年人用药后的反应，如出现消化系统不适或过敏等情况，应及时调整用药方案。
过敏体质者：本身有过敏体质的人群，无论是食物过敏、药物过敏等，使用胸腺肽时发生过敏反应的几率显著增加。在使用前应详细询问过敏史，使用过程中要加强监测，一旦出现过敏相关症状，如皮肤红斑、瘙痒加剧、呼吸急促等，应立即停止使用胸腺肽，并进行抗过敏治疗。
有基础疾病者：患有肝脏疾病、肾脏疾病等基础疾病的患者，使用胸腺肽时，药物的代谢和排泄可能会受到基础疾病的影响。例如肝脏疾病患者肝脏对药物的代谢能力下降，可能导致药物在体内蓄积，增加副作用发生的风险；肾脏疾病患者肾脏对药物的排泄功能减弱，也可能使药物在体内潴留。因此这类患者使用胸腺肽时需要更加谨慎，医生应根据患者的具体病情和肝肾功能情况，权衡利弊后决定是否使用及调整用药剂量等。
