益生菌有调节肠道菌群平衡、增强肠道屏障功能、改善免疫系统功能、缓解过敏反应、降低某些慢性疾病风险等作用，调节肠道菌群可影响能量和脂肪代谢改善代谢综合征，调节肠道菌群减少炎症反应和氧化应激可降低心血管疾病风险等。
益生菌能够通过在肠道内定植，占据肠道黏膜表面，与有害菌竞争营养物质和生存空间，从而调节肠道菌群的组成和比例。例如，一些研究发现，双歧杆菌和乳酸杆菌等益生菌可以增加肠道内有益菌的数量，抑制有害菌如大肠杆菌、沙门氏菌等的生长繁殖，维持肠道微生态的平衡。这种平衡对于肠道的正常消化、吸收功能至关重要，有助于预防和改善腹泻、便秘等肠道功能紊乱问题。对于婴幼儿来说，其肠道菌群尚不完善，合理补充益生菌有助于构建健康的肠道菌群环境；对于老年人，随着年龄增长肠道菌群逐渐失调，益生菌可帮助维持肠道正常功能。
增强肠道屏障功能
益生菌可以通过多种方式增强肠道屏障功能。一方面，益生菌能够刺激肠道上皮细胞的增殖和分化，促进肠道黏膜的修复和更新，使肠道黏膜的结构更加完整。另一方面，益生菌可以产生一些物质，如短链脂肪酸等，这些物质能够调节肠道上皮细胞的紧密连接蛋白的表达，增加肠道上皮细胞之间的紧密连接，减少肠道通透性，防止有害物质如细菌、毒素等进入血液中。对于患有肠道炎症性疾病的人群，如溃疡性结肠炎患者，肠道屏障功能受损，益生菌可能有助于改善这种状况；对于长期使用抗生素的人群，抗生素在杀灭有害菌的同时也会破坏肠道正常菌群，补充益生菌可帮助修复肠道屏障。
改善免疫系统功能
肠道是人体最大的免疫器官，益生菌与肠道免疫系统有着密切的联系。益生菌可以通过激活肠道相关淋巴组织，促进免疫细胞的分化和活性。例如，益生菌能够刺激肠道内的树突状细胞、巨噬细胞等免疫细胞的活性，使其产生更多的细胞因子，如白细胞介素-2、干扰素-γ等，这些细胞因子可以调节全身的免疫反应。研究表明，益生菌可以增强机体的免疫力，降低感染性疾病的发生风险。对于儿童来说，免疫系统尚未完全发育成熟，适当补充益生菌有助于提高其免疫力，减少呼吸道感染、胃肠道感染等疾病的发生；对于免疫力低下的老年人，益生菌也可以起到一定的免疫调节作用。
缓解过敏反应
部分益生菌具有缓解过敏反应的作用。其机制可能是通过调节Th1/Th2细胞的平衡，抑制Th2型免疫反应相关细胞因子的产生，如白细胞介素-4、白细胞介素-5、白细胞介素-13等，从而减轻过敏症状。例如，一些研究发现，特定的益生菌菌株可以改善过敏性鼻炎、过敏性皮炎等过敏性疾病患者的症状。对于有过敏体质的人群，如儿童时期有湿疹病史且家族有过敏史的个体，在日常生活中合理补充益生菌可能有助于降低过敏的发生风险或减轻过敏症状；对于已经患有过敏疾病的人群，在医生的指导下补充合适的益生菌也可能作为辅助治疗的手段之一。
降低某些慢性疾病风险
改善代谢综合征：一些益生菌可以通过调节肠道菌群，影响机体的能量代谢和脂肪代谢。例如，益生菌能够减少肠道对脂肪的吸收，降低血清胆固醇和甘油三酯水平，有助于改善肥胖、高血脂等代谢综合征相关的指标。对于肥胖人群和患有代谢综合征的人群，补充益生菌可能是综合管理中的一部分；对于有代谢综合征家族史的人群，早期通过合理饮食和补充益生菌等方式可能有助于预防代谢综合征的发生。
降低心血管疾病风险：肠道菌群与心血管疾病的发生发展也有关系，益生菌可以通过调节肠道菌群，减少炎症反应和氧化应激，从而对心血管系统产生有益影响。研究发现，某些益生菌能够降低血液中的C反应蛋白等炎症指标，有助于降低心血管疾病的发生风险。对于有心血管疾病高危因素的人群，如高血压、高血糖、高血脂患者，在控制基础疾病的同时，合理补充益生菌可能对心血管健康有益。
