大多数巨细胞病毒感染在免疫功能正常人群中可自愈，免疫功能低下或免疫缺陷人群需通过抗病毒治疗控制症状。
免疫功能正常人群感染后多数无明显症状，病毒潜伏于细胞内形成终身携带状态。少数免疫功能正常者可能出现单核细胞增多症、肝炎或肺炎等自限性症状，病程通常2～4周，无需抗病毒药物，以对症支持治疗（如退热、补液）为主，预后良好。研究显示，健康成人CMV感染后血清学抗体持续阳性率达50%～90%，但多数不会引发临床症状。
免疫功能低下人群（包括器官移植受者、HIV感染者、肿瘤放化疗患者等）感染后需积极治疗。先天性CMV感染可能导致新生儿听力损伤、智力障碍，需在出生后尽早评估，严重病例需静脉注射更昔洛韦治疗，疗程通常6周；器官移植受者感染CMV后易引发肺炎、结肠炎，需根据病毒负荷和临床症状调整更昔洛韦或缬更昔洛韦疗程，部分需长期维持治疗以降低病毒复发风险。HIV感染者合并CMV视网膜炎时，需联合抗病毒药物抑制病毒复制，减少眼部并发症。
特殊人群感染需个体化处理。孕妇感染CMV后，妊娠早期检测病毒血症可降低母婴传播风险，必要时在医生指导下使用缬更昔洛韦；妊娠中晚期感染者需密切监测胎儿发育，新生儿出生后通过听力筛查、脑脊液检测评估神经损伤。免疫功能正常儿童感染后，优先非药物干预（如退热贴、物理降温），避免使用成人抗病毒药物，仅在症状持续超过2周且排除其他病因时考虑药物治疗。
治疗效果与多种因素相关。抗病毒药物对CMV急性感染有效率约70%～80%，但无法完全清除潜伏病毒，停药后可能复发。病毒耐药性与长期用药相关，需定期监测病毒载量调整方案。基础免疫状态良好者停药后病毒潜伏率低，免疫功能持续低下者需长期抑制病毒复制。
预防措施可降低感染风险。免疫低下者应避免接触感染者唾液、尿液等体液，孕妇需避免接触不明感染源，新生儿与免疫低下者接触时需佩戴口罩、勤洗手。HIV感染者、器官移植受者等高危人群应接种流感疫苗、避免去人群密集场所，降低合并CMV感染概率。
