尼帕病毒感染治愈后，极少数情况下存在复发的可能，但这属于罕见事件。
这种复发并非病毒被根治后重新从外界感染，而是指急性期症状消失后，病毒可能在中枢神经系统内持续潜伏，并在数月甚至数年后被再度激活，导致致命的迟发性脑炎或复发性脑炎。目前科学界认为，这可能是病毒在某些康复者体内未被完全清除所致。
因此，虽然绝大多数康复者不会经历复发，但这一罕见风险具有重要的临床意义。它意味着尼帕病毒康复者，特别是曾患有严重脑炎的患者，需要进行终身的健康随访。任何在康复后再次出现神经系统症状的情况，都必须立即就医并告知医生既往感染史，以便排除复发的可能性。
