疱疹性咽峡炎的治疗包括一般治疗（休息隔离、饮食调整）、对症治疗（退热、缓解咽痛）、抗病毒治疗（一般自限性无需常规用，重症等可考虑用干扰素）以及特殊人群注意事项（婴幼儿密切观察，免疫低下儿童密切医疗监测）。
饮食调整：给予清淡、易消化的流质或半流质饮食，如牛奶、米粥、果汁等，避免进食辛辣、刺激性、过烫的食物，以免刺激咽部，加重疼痛。儿童在患病期间食欲可能不佳，选择合适饮食有助于保证营养摄入，同时减轻咽部不适。
对症治疗
退热：当患儿体温超过38.5℃且出现明显不适时，可采用物理降温或药物退热。物理降温可选用温水擦浴，擦浴部位为颈部、腋窝、腹股沟等大血管丰富处，每次擦浴时间10-15分钟；药物退热可选用对乙酰氨基酚等（需注意儿童年龄禁忌，严格按照药品说明书使用）。儿童体温调节中枢尚未发育完善，高热时易出现惊厥等情况，及时退热很重要。
缓解咽痛：可使用生理盐水漱口，保持口腔清洁，减轻咽部炎症。对于年龄较大、能配合的儿童，生理盐水漱口是简单有效的缓解咽痛方法；也可局部使用喷雾制剂，如西瓜霜喷雾等，但需在医生指导下使用。
抗病毒治疗
病毒类型与用药：疱疹性咽峡炎多由柯萨奇病毒A组引起，目前对于病毒感染所致的疱疹性咽峡炎，一般为自限性疾病，若没有合并细菌感染等情况，通常不需要常规使用抗病毒药物。但对于重症患儿或有免疫缺陷的儿童，可在医生评估后考虑使用抗病毒药物，如干扰素等。儿童自身免疫功能尚在发育中，过度使用抗病毒药物可能带来不良反应，所以需严格把握用药指征。
特殊人群注意事项
婴幼儿：婴幼儿病情变化较快，家长需密切观察患儿的精神状态、体温、呼吸等情况。若出现精神萎靡、持续高热不退、呼吸急促等情况，应立即就医。婴幼儿不会准确表达自身不适，家长需更加细心护理。
免疫低下儿童：免疫低下儿童患疱疹性咽峡炎时，病情可能较严重，病程可能较长，需要更密切的医疗监测，医生可能会根据具体情况采取更积极的治疗措施，如加强支持治疗等。免疫低下儿童自身抵抗疾病能力弱，易出现并发症等情况。
