扁桃体发炎可由病原体感染、免疫力因素、邻近器官炎症蔓延引起。细菌感染中A组乙型溶血性链球菌、葡萄球菌可致扁桃体发炎；病毒感染中腺病毒、鼻病毒可引发；儿童因免疫系统发育不完善、老人因免疫功能衰退易发病，长期熬夜等不良生活方式致免疫力下降也易发病；咽炎、鼻炎的炎症可蔓延至扁桃体引发发炎。
A组乙型溶血性链球菌：是引发扁桃体发炎最常见的细菌病原体。这种细菌常存在于人的咽部及扁桃体隐窝内，当人体抵抗力下降时，如受凉、劳累等情况，细菌大量繁殖，就会侵袭扁桃体引发炎症。例如，在儿童群体中，由于儿童的免疫系统发育尚不完善，更容易受到A组乙型溶血性链球菌的侵袭而导致扁桃体发炎。
葡萄球菌：也是可能引起扁桃体发炎的细菌之一，可单独或与其他病原体合并感染扁桃体，导致扁桃体出现红肿、疼痛等炎症表现。
病毒感染：
腺病毒：是引起扁桃体发炎的常见病毒之一。腺病毒感染具有一定的传染性，可通过飞沫传播等方式在人群中传播，尤其在儿童聚集的场所，如学校等，容易造成腺病毒的传播，进而引发扁桃体发炎。感染腺病毒后，扁桃体可出现明显的炎症反应，表现为扁桃体肿大、充血等。
鼻病毒：也可导致扁桃体发炎，鼻病毒感染常引起上呼吸道感染症状，其中就包括扁桃体的炎症反应，患者可能出现扁桃体疼痛、红肿等情况。
免疫力因素
年龄因素：儿童时期扁桃体处于相对活跃的免疫状态，是机体的重要免疫器官，但由于儿童免疫系统发育不成熟，抵抗力相对较低，更容易受到病原体的侵袭而发生扁桃体发炎。而老年人由于机体的免疫功能逐渐衰退，扁桃体的免疫功能也随之下降，同样容易受到病原体感染引发扁桃体发炎。
生活方式导致免疫力下降：长期熬夜、缺乏运动、过度劳累等不良生活方式会使人体的免疫力降低，从而增加扁桃体受到病原体感染的风险。例如，一些长期从事高强度工作的人群，由于长期处于劳累状态，免疫力下降，就比较容易患上扁桃体发炎。
邻近器官炎症蔓延
咽炎：咽部与扁桃体相邻，咽炎如果没有得到及时有效的治疗，炎症可蔓延至扁桃体，引发扁桃体发炎。例如，急性咽炎患者如果炎症持续发展，就可能波及扁桃体，导致扁桃体出现炎症反应，表现为扁桃体红肿、疼痛等。
鼻炎：鼻腔与咽部通过后鼻孔相连，鼻炎患者鼻腔内的炎症分泌物可能倒流至咽部，长期刺激扁桃体，引起扁桃体的炎症。尤其是慢性鼻炎患者，鼻腔长期存在炎症，更容易出现这种炎症蔓延至扁桃体的情况，导致扁桃体发炎反复发作。
