巨指症病因未完全明确一般认为与遗传因素（部分具遗传倾向可能因基因突变或异常致肢体发育相关基因功能受影响不同遗传方式影响传递规律）、胚胎发育异常（胚胎发育时肢体正常发育过程受干扰如组织分化生长调控相关细胞或分子异常致手指软组织和骨骼过度生长不同发育阶段受影响表现程度和部位不同）、神经因素（支配手指神经异常如神经纤维瘤病等伴随神经异常增殖致手指组织过度生长影响儿童患者手指正常功能发育）、血管因素（手指部位血管畸形或过度增生影响局部血液供应和组织营养代谢致组织过度增生婴幼儿时期出现异常可逐渐表现手指肥大随年龄增长可能加重）有关。
遗传因素
部分巨指症具有遗传倾向，有研究发现某些家族中存在巨指症的遗传现象，可能是由于基因的突变或异常导致。例如，一些单基因的遗传突变可能影响了肢体发育相关基因的功能，从而引发巨指症。在有家族遗传史的人群中，后代患巨指症的风险相对较高，这与家族中特定的基因传递有关，不同的遗传方式（如常染色体显性遗传等）会影响巨指症在家族中的传递规律。
胚胎发育异常
在胚胎发育时期，肢体的正常发育过程受到干扰可能导致巨指症。胚胎发育过程中，参与肢体组织分化、生长调控的相关细胞或分子出现异常，影响了手指的正常组织增生和分化。比如，在胚胎早期的血管生成、神经发育或间充质细胞的增殖分化等环节出现问题，就可能使得手指的软组织（如脂肪、血管、神经等）和骨骼过度生长，进而形成巨指症。不同的胚胎发育阶段受到影响，可能导致巨指症的表现程度和部位有所不同，这与胚胎发育异常发生的具体时间和涉及的组织器官相关。
神经因素
神经病变可能与巨指症的发生有关。支配手指的神经出现异常，可能会导致手指的组织过度生长。例如，神经纤维瘤病等疾病可能伴随神经的异常增殖，进而影响其所支配区域的组织发育，使得手指出现肥大等巨指症的表现。对于儿童患者来说，神经因素导致的巨指症可能会影响其手指的正常功能发育，因为神经对肌肉、血管等组织的调控异常会波及手指的生长和代谢等过程。
血管因素
血管的异常也可能是巨指症的诱因之一。手指部位的血管出现畸形或过度增生，会影响局部的血液供应和组织营养代谢，从而导致组织过度生长。比如，血管的数量增多、管径增大等情况，会为手指的组织提供过多的营养物质，促使脂肪、软组织等过度增生，最终形成巨指症。在婴幼儿时期，如果血管因素导致的异常开始出现，就可能逐渐表现出手指肥大的症状，随着年龄增长，巨指症可能会进一步加重。
