胚胎发育不良的原因包括遗传因素、母体因素、环境因素和感染因素。遗传因素有染色体异常，高龄孕妇易因卵子质量下降致胚胎染色体异常；母体因素涉及内分泌（黄体功能不全、甲状腺功能异常）、子宫（畸形、病变）、免疫（自身免疫病、同种免疫异常）；环境因素包含化学物质（如苯、甲醛）、辐射、不良生活方式（吸烟、酗酒）；感染因素是孕妇孕期感染风疹病毒、巨细胞病毒、弓形虫等病原体通过胎盘影响胚胎发育。
母体因素
内分泌因素：黄体功能不全是常见的内分泌问题，黄体分泌的孕酮对于维持妊娠至关重要，孕酮水平不足会影响胚胎的着床和发育。甲状腺功能异常也会对胚胎发育产生影响，甲状腺激素参与机体的代谢调节，无论是甲状腺功能亢进还是减退，都可能干扰胚胎发育所需的代谢环境，导致胚胎发育不良。例如，临床研究发现甲状腺功能减退的孕妇，其胚胎发育不良的发生率高于甲状腺功能正常的孕妇。
子宫因素：子宫畸形会影响胚胎的着床和生长空间，如纵隔子宫等，子宫腔内的异常结构会干扰胚胎的正常发育。子宫内膜病变，如子宫内膜炎、子宫内膜息肉等，会影响子宫内膜的容受性，使胚胎难以着床或着床后难以正常发育。例如，子宫内膜炎会导致子宫内膜出现炎性渗出等改变，不利于胚胎的种植和发育。
免疫因素：自身免疫性疾病可能会影响胚胎发育，如系统性红斑狼疮等，患者体内的自身抗体可能会攻击胎盘组织，影响胎盘的血液供应，进而影响胚胎发育。同种免疫异常也可能导致胚胎发育不良，母体对胚胎产生免疫排斥反应，使得胚胎无法正常生长发育。
环境因素
化学物质：孕妇接触过多的有害化学物质，如苯、甲醛等，这些化学物质可能会通过胎盘影响胚胎的发育，干扰胚胎细胞的正常分裂和分化过程。例如，长期处于含有甲醛的环境中的孕妇，其胚胎发育不良的风险会增加。
辐射：过量的辐射暴露，如接受高剂量的X射线等，会对胚胎的细胞造成损伤，影响胚胎的正常发育。孕妇在不知情的情况下接受了医疗辐射或处于辐射污染环境中，都可能导致胚胎发育不良。
生活方式：孕妇吸烟、酗酒等不良生活方式也会影响胚胎发育。吸烟产生的尼古丁等有害物质会导致血管收缩，减少胎盘的血液灌注，影响胚胎的营养供应；酗酒会影响胚胎的代谢和发育过程，增加胚胎发育不良的几率。
感染因素
孕妇在孕期感染某些病原体，如风疹病毒、巨细胞病毒、弓形虫等，这些病原体可以通过胎盘感染胚胎，影响胚胎的正常发育。例如，孕妇感染风疹病毒，可能会导致胚胎出现先天性心脏病、白内障等多种发育异常情况。
