体格检查包括外生殖器检查（观察阴茎大小形态、阴囊情况及不同年龄人群相关发育情况）和第二性征检查（查看胡须、阴毛、腋毛分布浓密程度及不同年龄阶段相关情况）；实验室检查有精液常规检查（涉及精子密度、活力、形态及相关影响因素）和性激素检查（包括睾酮、卵泡刺激素、黄体生成素及各自正常范围和相关影响因素）；影像学检查有超声检查，阴囊超声可查睾丸、附睾、精索情况，前列腺超声能观察前列腺大小形态结构及相关疾病诊断。
一、体格检查
1.外生殖器检查
观察阴茎的大小、形态，有无畸形、尿道下裂或上裂等情况；检查阴囊的大小、对称性，有无鞘膜积液、精索静脉曲张等，精索静脉曲张可通过触诊判断其程度，一般分为轻、中、重三度，重度精索静脉曲张可在阴囊表面看到曲张的静脉团。不同年龄人群外生殖器发育情况不同，儿童时期需关注是否有隐匿阴茎等影响正常发育的情况，成年男性则重点关注外生殖器的异常病变对生育等功能的影响。
2.第二性征检查
检查胡须、阴毛、腋毛的分布情况及浓密程度，男性第二性征的发育受雄激素调节，若第二性征发育异常可能提示内分泌等方面的问题，如雄激素缺乏等情况，不同年龄阶段第二性征发育有相应的正常范围，青春期少年第二性征发育是否符合正常进程是评估其内分泌功能的重要方面。
二、实验室检查
1.精液常规检查
精子密度：正常精子密度应大于15×10/ml，精子密度降低可能影响生育能力，导致男性不育。其意义在于反映睾丸生精功能，年龄增长可能会伴随精子密度下降，一般40岁以上男性精子密度较年轻男性有逐渐降低的趋势；生活方式方面，长期吸烟、酗酒、高温环境暴露等会影响精子密度。
精子活力：包括前向运动精子比例等，正常精子活力要求前向运动精子（a级+b级）大于32%。精子活力下降是男性不育的常见原因之一，年龄因素会影响精子活力，随着年龄增加，精子活力有下降趋势；某些疾病如附睾炎、前列腺炎等会导致精子活力降低；不良生活方式如久坐、缺乏运动等也会对精子活力产生不良影响。
精子形态：正常形态精子比例应大于4%，精子形态异常可能与精子的受精能力有关，某些遗传因素、环境因素（如接触化学毒物等）会影响精子形态，年龄较大的男性精子形态异常率可能会有所升高。
2.性激素检查
睾酮：男性睾酮主要由睾丸间质细胞分泌，正常范围因年龄等因素有所不同，成年男性一般在14-25nmol/L。睾酮水平异常会影响男性的生殖功能和第二性征等，年龄增长睾酮水平会逐渐下降，50岁以后每年约下降1%；一些疾病如睾丸疾病、垂体疾病等会导致睾酮水平异常；生活方式中长期熬夜、过度劳累等可能会影响睾酮的分泌。
卵泡刺激素（FSH）和黄体生成素（LH）：FSH主要作用于睾丸生精上皮，LH主要促进睾丸间质细胞分泌睾酮。FSH和LH水平异常也与男性生殖系统疾病相关，如睾丸功能衰竭时FSH和LH会升高；下丘脑-垂体病变会影响FSH和LH的分泌，不同年龄阶段FSH和LH的正常范围不同，青春期前儿童水平较低，青春期后逐渐升高并维持在一定水平，年龄增长到老年期FSH和LH会有升高趋势。
三、影像学检查
1.超声检查
阴囊超声：可用于检查睾丸、附睾、精索等情况。对于睾丸，能观察睾丸的大小、实质回声等，有助于诊断睾丸肿瘤、睾丸附睾炎等疾病，儿童时期睾丸超声检查可评估睾丸发育情况，有无睾丸发育不良等；对于附睾，可发现附睾囊肿、附睾炎等病变；对于精索，能清晰显示精索静脉情况，辅助诊断精索静脉曲张，通过超声测量精索静脉内径等指标来判断是否存在曲张及程度，年龄较大男性若有阴囊坠胀等症状，超声检查精索静脉很有必要。
前列腺超声：可以观察前列腺的大小、形态、结构等，有助于诊断前列腺增生、前列腺癌等疾病。前列腺增生在中老年男性中较为常见，通过超声测量前列腺体积等指标来评估病情严重程度；前列腺癌的超声检查可发现前列腺内的异常回声等，对于50岁以上男性，尤其是有前列腺癌家族史或出现排尿异常等症状时，前列腺超声检查是常用的筛查手段之一。
