导致畸形的因素包括遗传因素如某些基因或染色体异常致胎儿畸形及家族有遗传病史者风险高、年龄因素如孕妇年龄过大或过小、父亲年龄过大、环境因素如化学物质、物理因素（辐射、高温）、生物因素（感染病毒、弓形虫）、药物因素如不合理用药、生活方式因素如吸烟饮酒、营养不良等均可致胎儿畸形。
遗传因素是导致畸形的重要原因之一。某些基因的突变或染色体的异常会使胎儿在发育过程中出现结构或功能上的畸形。例如，21-三体综合征（唐氏综合征）是由于21号染色体多了一条，这是一种常见的染色体异常导致的先天性畸形，具有明显的遗传物质改变基础。对于有家族遗传病史的人群，如家族中有先天性畸形患儿的情况，孕育新生命时发生畸形的风险相对较高，这类人群在孕前和孕期需要进行更详细的遗传咨询和产前诊断。
年龄因素
孕妇年龄：孕妇年龄过大，尤其是超过35岁，卵子质量下降，染色体不分离的概率增加，胎儿发生染色体畸形的风险升高，如唐氏综合征等染色体异常相关的畸形发生风险随孕妇年龄增长而上升。而孕妇年龄过小，身体各方面机能可能还未完全成熟，也可能影响胎儿的正常发育，增加畸形发生的可能性。
父亲年龄：父亲年龄过大，精子的基因突变率可能增加，也会使胎儿发生某些畸形的风险增加，虽然相对母亲年龄因素影响程度可能稍低，但也是一个不可忽视的因素。
环境因素
化学物质：孕期接触某些化学物质可导致畸形。例如，孕妇长期接触铅、汞等重金属，会影响胎儿神经系统等的发育，增加神经管畸形等发生的风险；孕妇接触农药，如有机磷农药等，也可能干扰胎儿的正常发育过程，导致畸形。此外，长期处于含有甲醛等有害化学物质的环境中，如新装修且未充分通风的房屋内，甲醛可通过呼吸道等途径进入人体，影响胎儿的生长发育，增加畸形发生几率。
物理因素
辐射：孕妇在孕期接受过量的辐射，如医疗上不必要的X线检查、长期处于核辐射环境等，辐射可能会破坏胎儿细胞的遗传物质，干扰细胞的正常分裂和分化，从而引发畸形。例如，孕期腹部受到较高剂量的辐射，可能导致胎儿出现肢体畸形、智力发育障碍等问题。
高温：长期处于高温环境中，如频繁泡热水澡、长时间处于炎热且不通风的环境等，可能影响胎儿的发育。高温会影响胚胎周围的温度环境，干扰细胞的代谢过程，增加胎儿发生畸形的风险，尤其是在怀孕早期，胎儿各器官处于快速分化形成阶段，对高温更为敏感。
生物因素：孕期感染某些病毒，如风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等，可通过胎盘感染胎儿，影响胎儿的正常发育，导致多种畸形。例如，孕妇在怀孕早期感染风疹病毒，胎儿可能出现先天性心脏病、白内障、耳聋等多种畸形。此外，弓形虫感染也是导致胎儿畸形的重要生物因素之一，孕妇接触被弓形虫污染的食物、水或接触猫等动物的粪便等，可能感染弓形虫，进而影响胎儿发育，造成畸形。
药物因素
孕妇在孕期不合理使用药物也可能导致胎儿畸形。一些药物可以通过胎盘进入胎儿体内，干扰胎儿的正常发育过程。例如，某些抗生素如四环素类药物，在孕期使用可能影响胎儿的骨骼发育和牙齿发育；一些抗癫痫药物，如丙戊酸钠等，长期使用可能增加胎儿发生神经管畸形等的风险。孕妇在孕期用药必须在医生的指导下进行，因为即使是一些看似安全的药物，也可能在特定的孕期阶段对胎儿产生不良影响。
生活方式因素
吸烟饮酒：孕妇吸烟，烟草中的尼古丁等有害物质会通过胎盘进入胎儿体内，影响胎儿的氧气供应和营养物质的输送，干扰胎儿的正常发育，增加胎儿出现唇腭裂、心血管畸形等多种畸形的风险。孕妇饮酒，酒精可通过胎盘进入胎儿体内，阻碍胎儿的大脑发育，导致胎儿出现智力低下、面部畸形等多种问题，孕期饮酒还可能引发胎儿酒精综合征，造成一系列的畸形和发育障碍。
营养不良：孕期孕妇营养不良，如缺乏叶酸、维生素A、维生素B12等重要营养素，会影响胎儿的正常发育。例如，缺乏叶酸会增加胎儿神经管畸形的发生风险，孕妇在孕前和孕早期补充足够的叶酸可以有效降低神经管畸形的发生率；缺乏维生素A可能影响胎儿的视觉系统等的发育，导致眼部畸形等问题。
