临床一般未明确检查小肠最好的方法，检查小肠可通过小肠镜检查、胶囊内镜检查、钡剂灌肠造影、腹部CT造影、小肠CTE检查、血液粪便辅助检查等。
1、小肠镜检查
是小肠检查的金标准，分为单气囊和双气囊小肠镜，可经口或经肛进入小肠，直观观察全段小肠黏膜，发现息肉、溃疡、出血点等病变，还能同步取活检做病理检测，明确病变性质，适合排查小肠器质性病变，检查前需严格肠道准备，过程有轻微不适感。
2、胶囊内镜检查
属于无创检查方式，患者口服内置摄像头的胶囊，胶囊随肠道蠕动拍摄小肠黏膜画面，传输至体外记录仪，可清晰呈现全小肠情况，无痛无创且操作简便，适合小肠出血、不明原因腹痛的筛查，缺点是无法取活检和治疗，体内有起搏器者禁用。
3、钡剂灌肠造影
通过肛门灌入钡剂和气体，利用X线透视观察小肠形态、蠕动情况，排查小肠狭窄、梗阻、憩室等结构性病变，操作简单且费用较低，检查前需清洁肠道，能初步判断小肠整体功能，缺点是对微小黏膜病变的检出率相对较低。
4、腹部CT造影
静脉注射造影剂后做腹部CT扫描，清晰显示小肠管壁厚度、肠腔情况及周围组织关系，排查小肠肿瘤、穿孔、炎症、粘连等病变，还能发现腹腔淋巴结转移情况，检查速度快，无需肠道插管，适合急症或无法耐受内镜的患者。
5、小肠CTE检查
即小肠计算机断层扫描造影，是专用的小肠CT检查，口服肠道造影剂充盈肠腔，结合静脉造影剂扫描，能精细显示小肠黏膜、血管及病变细节，检出率远高于普通CT，适合小肠微小病变、血管畸形、肿瘤的精准排查，检查前需规范肠道准备。
6、血液粪便辅助检查
作为小肠检查的补充手段，血常规可判断是否存在贫血、感染，粪便潜血试验排查小肠隐匿出血，小肠功能检测可评估吸收消化能力，肿瘤标志物筛查辅助判断小肠肿瘤风险，操作简单且无创，为进一步专项检查提供诊断方向和依据。
出现腹痛便血、腹泻消瘦、不明原因贫血等症状，需及时就医选择适配检查方式，检查前严格遵医嘱做好肠道及术前准备，避免影响检查结果准确性，保障诊疗效果。
