身材矮小的原因包括遗传性因素和获得性因素，遗传性因素有常染色体显性遗传的软骨发育不全（由FGFR3突变致长骨生长受限且约八成患者父母身高正常为新突变）及女性性染色体异常的特纳综合征（核型多45，XO致身材矮小等）；获得性因素包含内分泌疾病（生长激素缺乏症因垂体前叶分泌不足致生长缓慢，甲状腺功能减退症因激素不足致生长迟缓等）、慢性疾病（先天性心脏病因缺氧营养不足影响发育，慢性肾病因代谢等障碍影响生长）、孕期因素（母亲接触有害物质、感染、营养不良致胎儿生长受干扰）。
一、遗传性因素
1.软骨发育不全：为常染色体显性遗传疾病，由成纤维细胞生长因子受体3基因（FGFR3）突变引起，该基因突变会影响长骨生长板软骨细胞的正常增殖和分化，导致长骨生长受限，从而出现身材矮小的表现，约80%的患者父母身高正常，是新发生的基因突变所致。
2.特纳综合征：主要发生在女性，是性染色体异常疾病，核型多为45，XO，因X染色体缺失或结构异常，影响了与生长发育相关的基因表达，导致身材矮小、性腺发育不全等一系列临床表现，患者出生时身高可能正常，随后生长速度逐渐减慢。
二、获得性因素
1.内分泌疾病
生长激素缺乏症：垂体前叶分泌生长激素不足，可由垂体发育异常、下丘脑病变等引起，生长激素是促进骨骼生长和身体发育的重要激素，缺乏时会导致身高增长缓慢，身材较同龄人矮小。
甲状腺功能减退症：甲状腺激素分泌不足，会影响机体的新陈代谢和生长发育，儿童期发病可导致生长迟缓、身材矮小，同时伴有智力发育迟缓、基础代谢率降低等表现。
2.慢性疾病
先天性心脏病：某些复杂先天性心脏病患儿，由于长期缺氧、营养物质供应不足等，影响生长发育，导致身材矮小；同时，心脏功能受损可能进一步影响全身血液循环，间接阻碍生长相关的代谢过程。
慢性肾病：慢性肾功能不全时，肾脏排泄代谢废物、调节电解质和酸碱平衡及内分泌功能出现障碍，会影响生长激素的分泌及其作用，还可能导致钙磷代谢紊乱，影响骨骼发育，从而引起身材矮小。
3.孕期因素
孕期母亲接触有害物质，如辐射、某些致畸药物等，或发生感染（如风疹病毒感染等），可能干扰胎儿的正常生长发育，导致胎儿出生后出现身材矮小；此外，孕期母亲营养不良，如缺乏蛋白质、维生素、矿物质等营养物质，也会影响胎儿的生长，增加出生后身材矮小的风险。
