川崎病病因未完全明确，与多种因素共同作用有关，包括感染因素（病毒、细菌感染被疑与之相关，儿童因免疫系统发育不完善更易受影响）、免疫因素（免疫系统异常激活，大量细胞因子释放致病理过程，不同性别免疫反应及特殊病史儿童免疫遗传背景可能有差异）、遗传因素（具遗传易感性，有家族聚集性，不同年龄性别遗传易感性可能有差异，有川崎病病史家族成员需关注后代健康）。
病毒感染：多种病毒被怀疑与川崎病有关，如逆转录病毒、EB病毒、柯萨奇病毒、腺病毒、巨细胞病毒等。有研究发现川崎病患儿体内存在相关病毒感染的迹象，例如部分患儿血清中可检测到特定病毒的抗体水平升高，但具体的病毒如何引发川崎病的详细机制还在进一步探索中。从年龄角度看，儿童时期免疫系统发育尚未完善，更容易受到病毒等病原体的影响，相对来说更易发生与感染相关的川崎病。
细菌感染：链球菌、葡萄球菌等细菌感染也被认为可能与川崎病的发生存在关联。有研究观察到川崎病患儿发病前可能有细菌感染的经历，然而细菌感染引发川崎病的具体途径和机制尚不清楚，可能是细菌感染后触发了机体异常的免疫反应。
免疫因素：
川崎病是一种全身性血管炎，涉及机体的免疫系统异常激活。患儿体内的T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞功能出现紊乱，导致大量细胞因子释放，例如白细胞介素-1、白细胞介素-6、肿瘤坏死因子等细胞因子水平显著升高，这些细胞因子会引起血管内皮细胞损伤、炎症反应等一系列病理过程，从而导致川崎病的发生和发展。不同性别在川崎病发病中的免疫反应可能存在一定差异，但具体机制还不十分明确。从生活方式角度，良好的生活方式有助于维持免疫系统稳定，而不良生活方式可能影响免疫功能，增加川崎病发病风险。对于有川崎病家族史等特殊病史的儿童，其免疫遗传背景可能存在一定异常，更容易在感染等因素刺激下引发异常免疫反应导致川崎病。
遗传因素：
川崎病具有一定的遗传易感性。研究发现某些遗传标记物与川崎病的发病相关，例如人类白细胞抗原（HLA）系统中的某些基因位点与川崎病的易感性有关。有家族聚集性现象被观察到，若家族中有川崎病患者，其他家庭成员患川崎病的风险相对普通人群有所升高，但并非绝对会发病，只是遗传因素增加了发病的可能性。不同年龄、性别在遗传易感性上可能存在差异，比如某些遗传突变在特定年龄段或性别中的表达可能更易引发川崎病相关的免疫异常等病理过程。有川崎病病史的家族成员在生育等情况时，需要更密切关注后代的健康状况，做好相关监测和预防准备。
