抗原抗体结合亲和力受多因素影响，抗原表位化学组成、空间构象及分子量等有影响，抗体可变区高变区序列构象、类别及亲和力成熟有作用，温度不适、pH偏离最适范围、离子强度不当会影响，抗原抗体浓度适中时亲和力较高，过高则可能因空间位阻降低亲和力。
一、抗原特性
抗原的表位结构是关键因素，表位的化学组成、空间构象等会影响与抗体的结合。例如，表位的氨基酸组成、糖基化等修饰情况会改变其与抗体结合的互补性，若表位结构与抗体结合位点高度互补，则亲和力较高；此外，抗原的分子量大小也有影响，一般分子量适中且表位分布合理的抗原更利于与抗体形成稳定结合。
二、抗体特性
抗体的可变区（V区）是与抗原结合的关键部位，V区中的高变区（互补决定区，CDR）的氨基酸序列和空间构象决定了抗体与抗原的特异性结合。不同抗体的CDR序列差异会导致对同一抗原结合亲和力不同，同时抗体的类别（如IgG、IgM等）也有影响，不同类别抗体的结构差异会影响其与抗原结合的亲和力；另外，抗体的亲和力成熟过程中，体细胞高频突变等机制会改变抗体的结合特性，从而影响最终的抗原抗体结合亲和力。
三、环境因素
（一）温度
温度对抗原抗体结合亲和力有显著影响，一般在适宜温度范围内（如37℃左右），抗原抗体结合亲和力较高，因为此时分子运动适度，利于两者充分接触和结合；若温度过高，会使蛋白质变性，破坏抗原抗体的空间结构，降低亲和力；温度过低则会减缓分子运动，也不利于两者高效结合。
（二）pH值
不同的抗原抗体复合物存在最适pH范围，偏离此范围会影响亲和力。例如，某些抗原抗体在中性pH下结合最佳，若pH过高或过低，会改变抗原和抗体的电荷状态，影响两者之间的静电相互作用，进而降低亲和力。
（三）离子强度
合适的离子强度有助于维持抗原抗体结合的稳定性，离子强度过低时，电荷间的相互作用减弱；离子强度过高时，会屏蔽电荷相互作用，均不利于抗原抗体的有效结合，适宜的离子强度能保障两者之间的静电、疏水等相互作用正常发挥，从而维持较高的亲和力。
四、浓度因素
抗原和抗体的浓度都会影响亲和力，当抗原抗体浓度适中时，两者有较多机会充分结合，亲和力相对较高；若抗原浓度过高，可能出现空间位阻现象，阻碍抗体与更多抗原结合，降低整体的有效结合亲和力；同理，抗体浓度过高也可能因空间限制影响与抗原的高效结合。
