自身免疫性疾病总体难完全治愈但可控制管理，部分有临床缓解可能如类风湿关节炎、甲亢，多数需长期管理如红斑狼疮、多发性硬化症，患者治疗需考虑年龄、性别，生活方式辅助控制，要密切监测病情遵医嘱
部分自身免疫性疾病有临床缓解可能
类风湿关节炎：随着医疗水平的发展，通过规范使用抗风湿药物等治疗，约有相当比例的患者可以达到临床缓解状态，即关节肿胀、疼痛等症状明显减轻，实验室指标如血沉、C-反应蛋白等恢复正常或接近正常。不过，在一些诱因影响下仍有复发可能，其临床缓解的实现基于大量临床研究中规范治疗方案的应用，通过长期维持合适的治疗强度来稳定病情。
甲状腺功能亢进症（自身免疫性甲状腺疾病的一种常见类型）：部分患者通过抗甲状腺药物治疗等方式，有一定的治愈几率。例如，经过规范的药物治疗疗程后，甲状腺自身免疫紊乱情况得到改善，甲状腺功能恢复正常且停药后复发风险较低，但这也与患者自身的免疫状态、治疗依从性等因素密切相关，不同个体情况存在差异。
多数自身免疫性疾病需长期管理
系统性红斑狼疮：目前尚无法完全根治，需要长期进行治疗和监测。患者需要长期使用免疫抑制剂等药物来控制病情活动，减少对各个系统如皮肤、肾脏、血液系统等的损害。因为其发病机制涉及复杂的自身免疫调节紊乱，免疫系统持续存在异常活化的情况，难以完全将异常的免疫反应彻底纠正至正常状态，所以需要长期维持治疗来稳定病情，提高患者的生活质量，减少并发症的发生。
多发性硬化症：这是一种中枢神经系统的自身免疫性疾病，也难以治愈，需要长期的疾病修饰治疗来延缓疾病的进展，减少复发次数和严重程度。其病程具有复发-缓解的特点，患者的免疫系统会持续攻击中枢神经系统的髓鞘，导致神经功能受损，目前的治疗主要是针对调节免疫反应，控制病情的发展，而无法完全修复已经受损的神经髓鞘和神经功能。
对于自身免疫性疾病患者，年龄因素会影响治疗方案的选择，比如儿童患者在药物选择上需要更加谨慎，要充分考虑药物对生长发育的影响；性别方面，某些自身免疫性疾病在不同性别中的发病率和病情表现可能有差异，如系统性红斑狼疮在女性中的发病率明显高于男性，治疗时需兼顾性别差异带来的不同影响；生活方式上，规律作息、合理饮食、适度运动等有助于提高机体免疫力，辅助疾病的控制，例如适度运动可以改善类风湿关节炎患者的关节功能和整体健康状况；有自身免疫性疾病病史的患者，在日常生活中需要更加密切监测病情变化，严格遵循医生制定的治疗方案，定期复诊，以便及时调整治疗措施，应对可能出现的病情波动等情况。
