男性射精疼的原因可分为感染性、结构性、神经肌肉性、心理性及其他因素，其中感染性与结构性因素较为常见，心理性因素可能因情绪焦虑加重症状，不同原因的发病机制与诱发人群存在差异。
一、感染性因素。常见病原体包括大肠杆菌、淋病奈瑟菌等，细菌可经尿道上行至前列腺、精囊引发炎症，或通过性接触传播导致尿道/生殖器感染，疼痛多伴随尿频、尿急及尿道分泌物，中青年性活跃男性因性卫生不足或多个性伴侣风险较高，老年男性因前列腺增生导致尿液残留易继发感染。
二、结构性异常。尿道狭窄多由既往尿道损伤或感染愈合后瘢痕形成，射精时尿道压力骤增引发疼痛；尿道结石可因结石刺激尿道黏膜或梗阻射精管导致疼痛，好发于长期憋尿、少饮水人群；前列腺增生多见于中老年男性，增生腺体压迫尿道使射精路径受阻，伴随排尿困难；包皮过长或包茎者因包皮口狭窄，性交时摩擦或清洁不当易继发感染性疼痛。
三、神经肌肉性因素。盆底肌痉挛因长期久坐、精神紧张导致肌肉持续收缩，影响射精协调性；糖尿病神经病变患者因微血管病变损伤支配射精的神经，致肌肉收缩异常引发疼痛，此类患者需严格控制血糖以延缓神经损伤进展；先天性射精管梗阻因胚胎发育异常或后天炎症粘连造成射精管堵塞，可伴随精液量减少。
四、心理性因素。长期焦虑、抑郁状态或性心理创伤者易出现射精时躯体化疼痛，性知识缺乏或初次性行为紧张导致肌肉过度收缩，尤其性活跃但缺乏性教育的青少年或年轻成人，心理压力缓解后症状多可改善，必要时建议心理疏导。
五、其他因素。某些抗抑郁药（如选择性5-羟色胺再摄取抑制剂）可能导致射精延迟或疼痛，发生率约5%-15%；盆腔手术（如前列腺手术）或会阴部外伤后局部瘢痕组织牵拉可影响射精肌肉功能；长期久坐、骑行（如职业自行车运动员）或憋尿习惯易压迫前列腺，增加盆底充血与疼痛风险。
