钩端螺旋体病症状分早期（钩体血症期）、中期（器官损伤期）和后期（恢复期或后发症期）。早期有急起发热、头痛、全身肌肉酸痛、乏力；中期肺出血型可咯血等，黄疸出血型有黄疸、出血倾向及肾功能损害，脑膜脑炎型有脑膜刺激征及中枢神经系统症状；后期部分患者可出现眼后发症、神经系统后发症等后发症。
一、早期症状
1.发热：多为急起，体温可在38℃-40℃左右，呈稽留热型，伴畏寒，一般持续3-10天。不同年龄人群发热表现可能有差异，儿童可能体温波动相对较大，需密切监测。生活方式健康与否对发热本身影响不大，但患病后身体状况会受影响。有钩体接触史等病史的人群更需警惕发热可能是钩端螺旋体病的表现。
2.全身中毒症状
头痛：较为突出，可累及整个头部，程度轻重不一，一般随发热等其他症状变化而变化。
全身肌肉酸痛：尤以腓肠肌（小腿肚子）、腰背肌疼痛明显。成人及儿童均可出现，儿童表述可能相对困难，但可通过哭闹、肢体活动异常等表现提示。
乏力：患者自觉全身无力，活动耐力明显下降，严重者可影响日常生活自理能力。
二、中期症状（器官损伤期）
1.肺出血型
可出现不同程度的咯血，轻者痰中带血，重者大量咯血，甚至出现呼吸困难、发绀等表现。年龄较小的儿童发生肺出血时可能症状更不典型，需密切观察呼吸等情况。
2.黄疸出血型
出现黄疸，皮肤、巩膜黄染，同时可能有出血倾向，如鼻出血、牙龈出血、皮肤瘀点瘀斑等，还可能伴有肾功能损害，表现为尿量减少、蛋白尿等。儿童黄疸出血型时，肝脏、肾脏等器官发育尚不完善，病情变化可能更快，需加强监测。
3.脑膜脑炎型
出现头痛加剧、呕吐（呈喷射性）、颈项强直等脑膜刺激征表现，严重者可出现嗜睡、昏迷、抽搐等中枢神经系统症状。不同年龄儿童的脑膜脑炎型表现有差异，幼儿可能以囟门隆起等表现提示颅内压增高。
三、后期症状（恢复期或后发症期）
部分患者在发热消退、经治疗好转后，可能出现后发症，如眼后发症，表现为眼痛、视物模糊等；神经系统后发症，如脑膜炎后遗症等。不同患者的后发症表现不同，与个体对钩体感染的免疫反应等因素有关。
