c13与c14呼气试验在原理、适用人群、检测准确性、检测设备及成本方面存在区别，c13采用稳定性核素标记，适用于特殊人群，成本较高；c14用放射性核素标记，不建议特殊人群，成本相对低，两者准确性都较高。
c13呼气试验：采用的是稳定性核素标记技术，使用的标记物是稳定性核素碳-13。幽门螺杆菌能够产生尿素酶，该酶可将口服的含碳-13标记的尿素分解为二氧化碳和氨，然后通过检测呼出气体中碳-13标记的二氧化碳含量来判断是否感染幽门螺杆菌。其原理基于幽门螺杆菌具有尿素酶活性这一特性，这种方法对人体的放射性危害极小。
c14呼气试验：利用的是放射性核素标记技术，标记物为放射性核素碳-14。同样是基于幽门螺杆菌能产生尿素酶分解尿素的原理，检测呼出气体中碳-14标记的二氧化碳。但由于碳-14具有放射性，虽然辐射剂量很低，但对于孕妇、儿童等特殊人群仍需谨慎考虑。
适用人群方面
c13呼气试验：因为没有放射性，所以适用于更广泛的人群，包括孕妇、儿童、老年人等特殊人群。例如孕妇在怀疑幽门螺杆菌感染时，可以选择c13呼气试验，避免放射性对胎儿可能产生的潜在影响；儿童由于其身体对辐射较为敏感，c13呼气试验是更安全的检测选择。
c14呼气试验：一般不建议孕妇、儿童进行，因为碳-14的放射性可能会对孕妇腹中的胎儿发育产生潜在风险，对儿童正在发育的细胞等可能有一定影响。对于老年人，如果没有特殊的辐射禁忌，也可以选择，但相对而言c13更具优势。
检测准确性方面
c13呼气试验：准确性较高，其检测灵敏度和特异度也能满足临床诊断需求。有大量研究表明，c13呼气试验在幽门螺杆菌感染检测中的符合率较高，能够较为准确地判断受检者是否存在幽门螺杆菌感染情况。
c14呼气试验：同样具有较高的准确性，在常规临床检测中也被广泛应用。不过由于碳-14的放射性，在一些对辐射更加敏感的个体中，可能会因为极少量的辐射影响而导致检测结果的细微偏差，但总体上其准确性是有大量临床研究支持的。
检测设备及成本方面
c13呼气试验：需要特定的检测设备来检测碳-13标记的二氧化碳，设备相对较为精密，成本方面，由于涉及到稳定性核素的使用等因素，检测成本相对c14呼气试验会高一些。
c14呼气试验：检测设备相对来说可能没有c13呼气试验那么精密，成本相对较低，因为碳-14的获取成本等因素使得其检测费用通常低于c13呼气试验。
