深覆合有诸多危害，包括牙齿方面磨损加剧、移位，牙周组织方面牙周炎风险增加，颞下颌关节方面关节功能紊乱；若不干预，深覆合在生长发育期可能逐渐加重，成人阶段不良口腔习惯也可能致其加重，应尽早干预治疗并保持良好口腔习惯防止恶化。
磨损加剧：深覆合会导致上前牙切缘与下前牙牙面之间的垂直向接触异常，使得上前牙切端与下前牙牙面过度摩擦，长期如此会造成牙齿咬合面的牙釉质磨损，严重时可暴露牙本质，引起牙齿敏感，出现遇冷、热、酸、甜刺激时疼痛的症状。例如有研究发现，深覆合患者牙齿磨损程度明显高于正常咬合者。
牙齿移位：由于上下牙列的异常咬合关系，牙齿所受的咬合力分布不均，部分牙齿承受的咬合力过大，可能导致牙齿向异常方向移位，影响牙齿的排列整齐度，进一步破坏咬合功能，还会影响美观。
牙周组织方面：
牙周炎风险增加：不均匀的咬合力会使牙周组织承受过大的压力，导致牙周支持组织受损，牙龈容易出现炎症，表现为牙龈红肿、出血等。长期的牙周炎症如果得不到有效控制，会引起牙周袋形成、牙槽骨吸收，最终可能导致牙齿松动甚至脱落。多项流行病学调查显示，深覆合患者患牙周炎的概率高于正常咬合人群。
颞下颌关节方面：
关节功能紊乱：深覆合会改变颞下颌关节的正常受力情况，使得关节承受异常的压力和应力，容易引发颞下颌关节紊乱综合征。患者可出现关节区疼痛、弹响、张口受限等症状，影响咀嚼、说话等日常功能，给生活带来诸多不便。
深覆合是否会越来越严重
一般来说，如果不进行干预，深覆合有逐渐加重的可能，尤其是在生长发育阶段的人群。
生长发育期：处于青少年生长发育期时，面部骨骼还在不断生长改建。如果存在深覆合情况，上下颌骨的生长不平衡可能会导致深覆合进一步加重。例如，下颌骨发育不足或者上颌骨过度生长等因素，会使得上下牙列的垂直向关系愈发异常，深覆合程度逐渐加深。
成人阶段：成人的骨骼生长基本停止，但如果存在不良的口腔习惯，如长期偏侧咀嚼、紧咬牙等，也可能会导致深覆合有所加重。不过相对生长发育期而言，成人阶段深覆合进展速度可能相对缓慢，但如果不加以控制，也会逐渐发展。
对于深覆合，应尽早进行干预治疗。儿童期发现深覆合，可通过早期的正畸治疗引导颌骨正常生长发育，防止深覆合进一步加重；成人若有深覆合问题，也可通过正畸治疗等手段改善咬合关系，避免深覆合持续加重带来更严重的口腔健康问题。同时，无论是儿童还是成人，都应注意保持良好的口腔习惯，如避免长期偏侧咀嚼、减少咬硬物等，以维护口腔健康，防止深覆合恶化。
