支原体衣原体感染分泌尿生殖系统感染和呼吸道感染，男性非淋菌性尿道炎有尿道刺痒灼痛等症状，附睾炎单侧附睾肿大疼痛等；女性宫颈炎大多无症状，有症状者阴道分泌物增多等，尿道炎有尿频尿急尿痛等，盆腔炎有下腹痛发热等；支原体肺炎潜伏期2-3周，起病缓慢，有乏力咽痛头痛咳嗽发热等，衣原体肺炎儿童多见，起病隐匿，有发热咳嗽气促等，不同年龄段人群症状有差异，女性妊娠期感染可致不良妊娠结局，有基础疾病者症状加重恢复慢。
一、男性泌尿生殖系统感染
非淋菌性尿道炎：潜伏期一般为1-3周。起病较缓慢，症状相对较轻。常见症状有尿道刺痒、灼痛，可伴有轻重不同的尿频、尿急、尿痛，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性，部分患者晨起时会发现尿道口有少量黏液性分泌物结痂封住尿道口（“糊口”现象）。部分患者可无明显症状。
附睾炎：多为单侧发病，表现为附睾肿大、疼痛，疼痛可放射至下腹部及腹股沟区，查体可触及附睾肿大、触痛明显，部分患者可伴有阴囊皮肤红肿等表现。
二、女性泌尿生殖系统感染
宫颈炎：大多数患者无症状，有症状者主要表现为阴道分泌物增多，呈黏液脓性，阴道分泌物刺激可引起外阴瘙痒及灼热感，可出现经间期出血、性交后出血等症状。
尿道炎：感染累及尿道时，可出现尿频、尿急、尿痛等症状，尿道口充血、水肿，可有少量脓性分泌物。
盆腔炎：由宫颈炎、尿道炎等上行感染所致，可出现下腹部疼痛、发热、阴道分泌物增多且有异味等症状，病情严重时可出现高热、寒战、头痛、食欲不振等全身症状。若形成盆腔脓肿，可触及下腹包块及局部压迫刺激症状，包块位于前方可出现膀胱刺激症状，如排尿困难、尿频，若引起膀胱肌炎还可出现尿痛等；包块位于后方可出现直肠刺激症状，如直肠坠胀感、排便困难、腹泻等。
三、呼吸道感染
支原体肺炎：潜伏期2-3周，起病较缓慢。主要症状为乏力、咽痛、头痛、咳嗽、发热等。咳嗽多为刺激性干咳，咳少量黏液痰，发热可持续2-3周，体温恢复正常后可能仍有咳嗽。部分患者可伴有胸骨后疼痛，肺部体征多不明显，少数患者可闻及干湿啰音。
衣原体肺炎：儿童多见，起病多隐匿。症状主要有发热、咳嗽、气促等，咳嗽一般为干咳或少量黏痰，可伴有咽痛、声音嘶哑等。
不同年龄段人群感染支原体衣原体后的症状可能有所差异，儿童感染支原体肺炎时可能全身症状相对更明显，如发热程度较高、可伴有腹泻等消化道症状；老年人感染后症状可能不典型，容易被忽视。女性在妊娠期感染支原体衣原体可能会增加早产、胎膜早破等风险，对妊娠结局产生不良影响。而有基础疾病的患者感染后，症状可能会加重，且恢复相对较慢。
