尼帕病毒来源于野生动物，其自然宿主是果蝠。
病毒在果蝠种群中长期存在并循环，蝙蝠自身不发病，但可通过唾液、尿液等分泌物排出病毒，污染其栖息地周边的自然环境。人类感染主要通过两个关键链条，一是直接或间接接触被污染的环境，例如食用被蝙蝠分泌物污染的水果或生椰枣汁；二是通过中间宿主，主要是猪，病毒由蝙蝠传给猪后，在猪群中暴发，人类再通过与病猪的密切接触而感染。
因此，尼帕病毒的来源揭示了其作为人畜共患病的本质。保护生态平衡、加强对动物宿主的监测是预防此类新发传染病的关键。
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