尼帕病毒与蝙蝠存在直接宿主关系。
蝙蝠，尤其是狐蝠科果蝠，是尼帕病毒的自然宿主。这类蝙蝠长期携带病毒却无明显症状，通过唾液、尿液和粪便持续排毒，成为病毒传播链的核心源头。果蝠栖息于果园、森林周边，其排泄物会污染水果、水源及树叶。人类若食用被污染的椰枣汁、生鲜水果，或接触受污染的物体表面，病毒便可能通过破损皮肤或黏膜侵入人体。
果蝠广泛分布于南亚、东南亚地区，与人类活动区域高度重叠。其迁徙习性使病毒跨区域传播成为可能，而人类对蝙蝠栖息地的侵扰进一步缩短了物种间距离，增加了病毒外溢风险。
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