尼帕病毒属于副黏病毒科亨尼帕病毒属，是一种单股负链RNA病毒。
病毒颗粒具有包膜，形态上多为球形，也有多形性，直径范围在120-300纳米之间，比多数副黏病毒大。病毒包膜外侧镶嵌着两种重要的糖蛋白，即附着糖蛋白（G）和融合糖蛋白（F）。G蛋白负责病毒与宿主细胞的识别、附着，F蛋白则在G蛋白与受体结合引发结构变化后，协助病毒包膜与宿主细胞膜融合。
其内部基因组由负链RNA组成，包裹着核蛋白、磷蛋白和RNA依赖的RNA聚合酶，基质蛋白在病毒装配后期起关键作用，促进病毒基因组和蛋白的包装。
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