尼帕病毒属于副黏病毒科、亨尼帕病毒属的单股负链RNA病毒。
从分类学上看，尼帕病毒与亨德拉病毒同属。该属病毒因自然宿主均为果蝠，且能引发人和马等动物严重共患病而被归为一类，具有明确的人畜共患特性。其结构具有包膜病毒典型特征，病毒颗粒外有脂质包膜，表面含有糖蛋白突起，这一结构使其对消毒剂敏感，但同时也便于与宿主细胞融合，侵入神经系统和呼吸道上皮细胞。
此外，虽与麻疹、腮腺炎病毒同属副黏病毒科，但尼帕病毒的基因结构、宿主范围和致病性更为独特，尤其是其对血管内皮和神经细胞的特殊嗜性，导致了高死亡率的脑炎和全身性症状。
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