尼帕病毒的源头是果蝠，尤其是狐蝠科中的大型飞行狐蝠。
这类蝙蝠是尼帕病毒的自然宿主，可长期携带病毒而不发病，通过唾液、尿液、粪便持续排毒，成为病毒传播链的关键起点。果蝠栖息于热带和亚热带地区的森林、果园及椰枣种植区，其活动范围与人类生活区域重叠，增加了病毒溢出风险。
病毒通过中间宿主或直接污染食物传播给人类。猪等家畜因食用被果蝠污染的水果而感染病毒，成为重要的中间宿主。人类与病猪密切接触时，病毒可通过呼吸道飞沫、血液或体液传播。此外，饮用被果蝠唾液或尿液污染的生椰枣汁，或食用未彻底清洗的被污染水果，也是感染途径。
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