尼帕病毒起源于特定动物宿主，通过复杂途径传播至人类。
其天然宿主主要为果蝠，这类蝙蝠携带病毒却不发病，但可通过唾液、尿液或粪便将病毒污染至水果、椰枣汁等食物。当人类食用被污染的生食或接触被污染的物体表面时，病毒便可能突破物种屏障感染人类。
中间宿主是病毒扩散的关键环节。猪等家畜因食用被果蝠污染的水果而感染病毒，成为重要的中间宿主。人类与病猪密切接触时，病毒可通过呼吸道飞沫、血液或体液传播。此外，直接接触被病毒污染的动物组织或分泌物也是感染途径之一。
尽管人际传播罕见，但在密闭环境中通过飞沫或接触患者体液仍可能引发聚集性病例。
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