尼帕病毒的主要源头是果蝠，尤其是狐蝠科的大型飞行狐蝠。
这类果蝠作为自然宿主，长期携带病毒却不发病，但通过唾液、尿液或粪便污染环境及食物，成为病毒传播链的关键起点。例如，马来西亚1998年首次暴发疫情时，病毒即通过果蝠污染的椰枣树汁传播至猪群，再经猪传染给人类。除直接传播外，果蝠还可通过中间宿主扩大传播范围。猪因与人类接触密切，成为重要中间宿主，感染后通过咳嗽、打喷嚏形成气溶胶，或通过分泌物污染环境，进一步增加人类感染风险。
目前，全球已报告的尼帕病毒疫情多与果蝠栖息地重叠区域相关，防控需重点监测果蝠活动，切断其与人类及家畜的接触途径。
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