尼帕病毒来源于野生动物，其自然宿主主要是东南亚等地区的果蝠，特别是狐蝠科的蝙蝠。
病毒长期存在于蝙蝠种群中而不使其发病，但可通过蝙蝠的唾液、尿液或粪便排出。人类感染通常通过两条主要途径，一是直接接触受感染蝙蝠或其分泌物，例如食用被污染的水果或生椰枣汁；二是通过中间宿主传播，历史上疫情显示病毒可由蝙蝠传给猪，猪群爆发疫情后，人类再通过密切接触病猪而感染。
因此，尼帕病毒的出现是人类活动与自然生态系统发生危险交汇的结果。森林开发使蝙蝠栖息地靠近人类社区，而养猪场等集约化农业活动位于蝙蝠活动范围内，成为了病毒从野生动物外溢至人类社会的关键跳板。
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