尼帕病毒的自然宿主是果蝠。
果蝠属于狐蝠科狐蝠属，广泛分布于南亚、东南亚及澳大利亚等热带和亚热带地区。这类蝙蝠是尼帕病毒在自然界中的主要携带者，病毒可在其体内长期存在而不引发明显症状，形成稳定的病毒库。果蝠通过排泄物或唾液将病毒释放到环境中，污染水果、水源或植被。其他动物如猪、马等通过接触被污染的物品或食用被污染的水果感染病毒，成为中间宿主。人类则通过直接接触感染动物、食用被污染食物或接触患者体液而感染。
果蝠的迁徙和栖息地扩张加剧了病毒传播风险。由于尚无特效药物和疫苗，防控重点在于避免接触蝙蝠及其污染物，加强家畜管理，并严格监控高风险区域。
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