尼帕病毒与亨德拉病毒同属副黏病毒科亨尼帕病毒属，是亲缘关系密切的两种人畜共患病原体。
二者基因组均为单股负链RNA，结构蛋白高度相似，且具有相同的抗原、血清学及超微结构特征，但与其他副黏病毒差异显著，因此被归类为独立新属。两者均以果蝠为自然宿主，但传播路径与致病性存在差异。亨德拉病毒主要感染马和人类，通过接触病马组织或体液传播，临床表现为严重呼吸道或神经系统疾病；尼帕病毒则可通过蝙蝠直接传播或经猪等中间宿主感染人类，除脑炎外，更易引发急性呼吸窘迫综合征，且存在人际传播风险。
二者均被世界卫生组织列为优先关注的病原体，但尼帕病毒因更高的病死率和人际传播能力，公共卫生威胁更为突出。
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