尼帕病毒的遗传物质是一条单股负链RNA。
该RNA基因组全长约18.2kb，结构高度保守，从3'端到5'端依次排列着先导序列、N、P、M、F、G、L基因及尾随序列。这些基因编码6种结构蛋白和3种非结构蛋白，共同维持病毒的生命周期。与正链RNA病毒不同，尼帕病毒的RNA本身不具备感染性，必须与病毒自身编码的RNA依赖的RNA聚合酶结合形成核糖核蛋白复合体，才能启动复制与转录。这种特性使其在病毒分类上独树一帜。
尼帕病毒通过其RNA基因组编码的蛋白实现高效复制和免疫逃逸。例如，G蛋白和F蛋白介导病毒入侵宿主细胞，而V、W蛋白则通过抑制宿主干扰素信号通路，帮助病毒逃避免疫系统，进而引发严重疾病。
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