尼帕病毒的确定自然宿主是果蝠，同时，包括猪在内的多种动物可作为重要的中间宿主。
作为自然宿主，果蝠自身携带病毒但不发病，其尿液、粪便和唾液可持续排出病毒，成为感染源头。病毒在蝙蝠种群中循环，形成了稳定的自然疫源地。人类通常不直接接触蝙蝠而感染，关键的传播环节是中间宿主，尤其是猪。历史疫情表明，病毒可由蝙蝠传至猪群，并在养殖场内高效复制和扩散，形成病毒放大器，最终通过密切接触传染给人类。
除猪外，马、羊、猫、狗等动物也曾被检测出感染或抗体，但它们作为传染源的作用远不如猪明确。人类是终末宿主，虽可发生人际传播，但并未在人群中建立持续传播链。因此，防控的核心在于阻断病毒从自然宿主果蝠经中间宿主尤其是猪向人类的外溢路径。
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