该病毒具有嗜神经性和嗜内皮性，早期感染多表现为发热、头痛、肌肉酸痛等流感样症状，部分患者伴随咳嗽、呼吸困难等呼吸道症状。随着病毒在肺部和中枢神经系统的扩散，20%-30%的重症患者会发展为急性呼吸窘迫综合征（ARDS），表现为血氧饱和度骤降、呼吸急促甚至喘憋，需依赖机械通气维持生命。呼吸衰竭的诱因包括病毒直接损伤肺泡上皮细胞引发的炎症浸润，以及脑干功能失调导致的呼吸中枢抑制。若合并心肌炎或循环系统紊乱，会进一步加重缺氧状态。
尽管多数轻症患者不会出现呼吸衰竭，但该并发症是尼帕病毒高死亡率的主要原因之一。早期识别呼吸困难、血氧下降等预警信号，及时采取呼吸支持治疗，是降低病死率的关键。
