感染尼帕病毒本身通常不直接造成典型的扁桃体肿大，但其引发的严重全身性炎症和并发症可能累及咽部。
尼帕病毒感染的核心是病毒性脑炎与全身血管炎，其早期症状虽包括发热、咽痛等类似上呼吸道感染的表现，但这主要是由全身性炎症反应所致。扁桃体作为淋巴组织，在普通细菌或常见病毒感染中常会作为局部免疫应答的一部分而肿大，然而尼帕病毒的病理机制主要集中于攻击小血管内皮细胞及神经系统，并非以局部淋巴组织增生为特征。因此，显著的、孤立的扁桃体肿大并不被视为该疾病的典型标志。
若患者来自疫区并出现高热、咽痛，同时迅速进展为剧烈头痛、意识障碍、抽搐等神经系统症状，即使伴有咽部充血，也应高度怀疑尼帕病毒感染，而非仅关注局部体征。医生需重点评估神经系统状况，避免因局部表现而延误对这一致命性疾病的识别与隔离救治。
