尼帕病毒感染的症状分为早期症状、中期症状、晚期症状等。
1.早期症状
感染尼帕病毒后，早期症状与流感相似，包括发热、头痛、肌肉疼痛和乏力。部分患者可能出现呼吸道症状，如咳嗽、咽痛，少数病例伴有恶心、呕吐或腹泻。这些症状通常在感染后4至14天出现，容易被误诊为普通感冒或登革热。
2.中期症状
随着病情进展，约半数患者会出现神经系统症状，如定向障碍、嗜睡、意识模糊、抽搐，甚至颈部僵硬。部分病例伴随非典型肺炎症状，如呼吸急促、低氧血症，严重者可发展为急性呼吸窘迫综合征。
3.晚期症状
晚期患者可能出现严重脑炎，伴随意识模糊或昏迷，持续性高热难以缓解，呼吸急促或急性呼吸窘迫，以及肌肉痉挛或抽搐发作。部分病例因多器官功能衰竭导致休克或死亡。幸存者中，约20%可能遗留长期神经系统后遗症，如癫痫或人格改变。
