尼帕病毒感染预后总体较差，病死率高达40%-75%。
病毒可直接突破血脑屏障引发脑实质炎症，导致剧烈头痛、意识模糊、抽搐甚至昏迷，同时攻击肺泡上皮细胞引发急性呼吸窘迫综合征，造成低氧血症和肺水肿。部分患者因病毒血症引发全身炎症风暴，出现多器官功能衰竭，如心肌损伤、肝肾功能异常等，进一步加剧死亡风险。
幸存者中约20%遗留长期神经系统后遗症，包括认知障碍、人格改变、癫痫发作及运动功能障碍。儿童感染者更易出现心肌炎和肢体瘫痪，部分患者需终身康复治疗。病毒对神经元的直接损伤或免疫介导的脱髓鞘作用，可能导致迟发性脑炎，症状甚至在康复数年后复发。
目前尚无特效抗病毒药物，治疗以对症支持为主，包括机械通气、降颅压、维持电解质平衡等。早期识别和干预可改善预后，但病毒潜伏期长、症状非特异性，易延误诊断。预防核心在于避免接触果蝠、病畜及污染食物，高风险地区需加强公共卫生监测。
本内容不能作为治疗依据，如有不适请到医院进行科学治疗
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