螺旋藻有胃肠道不适、过敏反应等副作用，自身免疫性疾病患者、甲状腺疾病患者、服用特定药物者、孕妇哺乳期女性、儿童服用需注意，自身免疫病患者服用可能加重病情，甲状腺病患者需据病情控碘摄入，服特定药者可能有相互作用，孕妇哺乳期女性及儿童不建议随意服用需专业评估或谨慎决定。
胃肠道不适：部分人服用螺旋藻后可能出现胃肠道不适症状，如恶心、呕吐、腹胀、腹泻等。有研究显示，约2%-5%的服用者会出现不同程度的胃肠道反应，这可能与螺旋藻中的某些成分刺激胃肠道有关，比如其纤维成分可能对胃肠道敏感者产生一定刺激。
过敏反应：少数人可能对螺旋藻过敏，表现为皮肤瘙痒、皮疹、红斑，严重时可能出现呼吸困难等过敏症状。过敏反应的发生概率较低，但对于有过敏体质的人群，服用螺旋藻需格外谨慎。据相关统计，过敏发生率约在0.1%-0.5%左右。
螺旋藻的禁忌
自身免疫性疾病患者：螺旋藻可能会促进免疫系统的活动，对于自身免疫性疾病患者，如系统性红斑狼疮、类风湿关节炎等，可能会加重免疫系统的异常反应，从而导致病情恶化。例如，系统性红斑狼疮患者的免疫系统本就处于过度活跃状态，服用螺旋藻后可能进一步刺激免疫系统，使病情加重。
甲状腺疾病患者：螺旋藻中含有一定量的碘，甲状腺疾病患者需要根据病情控制碘的摄入量。对于甲亢患者，本身甲状腺激素分泌过多，过量摄入碘会加重病情；而对于甲减患者，若摄入过多碘可能影响甲状腺素的治疗效果，所以甲状腺疾病患者服用螺旋藻需咨询医生后谨慎决定。
服用特定药物者：螺旋藻可能与某些药物发生相互作用。例如，正在服用抗凝药物（如华法林）的患者，螺旋藻中的某些成分可能影响凝血功能，增加出血风险；正在服用降糖药物的糖尿病患者，螺旋藻可能影响血糖控制，需要密切监测血糖变化并调整药物剂量。
孕妇和哺乳期女性：目前关于孕妇和哺乳期女性服用螺旋藻的安全性研究相对有限，为了确保母婴安全，不建议孕妇和哺乳期女性随意服用螺旋藻，应在医生的专业评估后再决定是否服用。
儿童：儿童处于生长发育阶段，其身体各系统功能尚未完全成熟，螺旋藻对儿童的影响尚不明确，为避免可能的不良影响，不建议儿童服用螺旋藻。
