长期服用锌镁片可能引起胃肠道不适、干扰其他矿物质吸收、对肝肾功能有潜在影响、有神经系统相关影响及可能干扰激素水平，本身胃肠道功能弱、肝肾功能不全、老年人、有神经系统基础疾病及激素水平不稳定人群受影响更甚。
长期服用锌镁片可能引起胃肠道不适，如恶心、呕吐、腹痛、腹泻等。有研究表明，部分人群在过量或不恰当服用锌镁片后，胃肠道对药物成分的不耐受可导致上述症状出现。对于本身胃肠道功能较弱的人群，如患有慢性胃炎、胃溃疡等疾病的患者，这种胃肠道不适的风险可能更高，因为他们的胃肠道黏膜屏障功能相对较差，更容易受到外来物质的刺激。
干扰其他矿物质吸收
锌和镁在体内的吸收和代谢是相互关联的，长期大量服用锌镁片可能会干扰其他矿物质的吸收，例如干扰铁、钙等矿物质的吸收。锌和铁在肠道吸收时存在竞争机制，过量的锌会抑制铁的吸收，长期可能导致缺铁性贫血；而镁过量也可能影响钙的代谢平衡，影响骨骼对钙的正常摄取和利用，对于儿童、孕妇等对钙需求较高的人群，这种影响可能会对其生长发育或骨骼健康产生不良影响，儿童长期可能影响骨骼正常生长，孕妇则可能影响自身及胎儿的骨骼健康。
对肝肾功能的潜在影响
虽然正常剂量下锌镁片对肝肾功能影响较小，但长期超量服用可能会加重肝、肾的代谢负担。肝脏是人体重要的代谢器官，肾脏是排泄器官，过量的锌和镁需要经过肝肾代谢和排泄，长期超量可能导致肝肾细胞的代谢压力增大，虽然目前尚无明确证据表明一定会造成肝肾功能损伤，但存在潜在风险。对于本身肝肾功能不全的人群，如患有慢性肝炎、肾炎等疾病的患者，这种风险会进一步增加，因为他们的肝肾功能已经处于相对脆弱的状态，无法承受额外的代谢负担。
神经系统相关影响
过量的锌可能对神经系统产生一定影响，如出现头晕、嗜睡等症状。镁过量也可能影响神经系统的正常功能，导致神经传导异常等情况。对于老年人，由于其神经系统功能本身随着年龄增长而有所衰退，长期服用锌镁片可能更容易出现神经系统相关的不适症状；而对于有神经系统基础疾病的人群，如患有帕金森病、癫痫等疾病的患者，服用锌镁片可能会干扰原有的神经系统功能平衡，需要格外谨慎。
激素水平干扰
有研究推测，长期大量服用锌镁片可能会对激素水平产生一定干扰，但目前相关研究还在进一步探索中。不过对于一些本身激素水平不稳定的人群，如患有内分泌疾病（如甲状腺疾病、糖尿病等）的患者，这种干扰可能会影响激素的正常调节，进而影响疾病的控制和身体的整体健康状况。例如，甲状腺激素的正常分泌可能受到影响，从而导致甲状腺功能异常波动等情况。
