克隆病有多种并发症，肠梗阻多由肠管狭窄引起各阶段均可发生回肠末段和结肠多见与年龄、生活方式及病史有关表现为腹痛呕吐腹胀停止排气排便；腹腔脓肿活动期肠道炎症蔓延所致右下腹及盆腔好发与年龄、生活方式及病史有关有发热腹痛腹部触及压痛性肿块等；肛瘘与肛周脓肿累及肛周常见与肠道病变累及肛周有关与性别关系不大与肛周卫生及病史有关肛瘘有肛周瘘口流少量脓性分泌物肛周脓肿有肛周红肿疼痛波动感等；肠道出血活动期黏膜炎症溃疡导致可多可少与年龄、生活方式及病史有关表现为便血严重呕血伴头晕乏力等贫血表现；肠穿孔严重并发症因溃疡加深穿透肠壁所致与年龄、生活方式及病史有关突发剧烈腹痛后有腹膜炎表现；营养不良因肠道吸收功能受影响长期患病肠道病变广泛者多见与年龄、生活方式及病史有关出现体重下降消瘦皮肤干燥毛发干枯儿童生长发育迟缓等。
发生情况：克隆病较常见的并发症之一，多由肠管狭窄引起，可发生于疾病的任何阶段，但以回肠末段和结肠多见。
影响因素：年龄方面，不同年龄段的肠道功能等有所差异，可能影响肠梗阻发生的易感性等；生活方式上，如饮食中膳食纤维摄入异常等可能增加肠道负担，诱发肠梗阻；有克隆病病史的患者，肠道病变基础存在，更易出现肠道狭窄进而引发肠梗阻。
表现：主要表现为腹痛、呕吐、腹胀、停止排气排便等。
腹腔脓肿
发生情况：克隆病活动期肠道炎症蔓延可形成腹腔脓肿，好发于右下腹及盆腔。
影响因素：年龄较小的患者自身免疫等功能相对不完善，发生腹腔脓肿后恢复可能相对较慢；生活方式不规律等可能影响身体整体状态，增加腹腔脓肿发生风险；有克隆病病史且病情控制不佳的患者，肠道炎症持续存在，更易引发腹腔脓肿。
表现：可有发热、腹痛、腹部触及压痛性肿块等。
肛瘘与肛周脓肿
发生情况：克隆病可累及肛周，导致肛瘘与肛周脓肿，是较为常见的肛周相关并发症。
影响因素：对于不同性别，在激素等方面有差异，但在克隆病相关肛周并发症上，主要还是与肠道病变累及肛周有关；生活方式中，肛周局部卫生状况等会影响，若肛周卫生差，更易继发感染；有克隆病病史且肠道病变累及肛周区域的患者，易出现肛瘘与肛周脓肿。
表现：肛瘘可有肛周瘘口持续或间断流出少量脓性分泌物等表现，肛周脓肿则表现为肛周红肿、疼痛、有波动感等。
肠道出血
发生情况：克隆病活动期肠道黏膜炎症、溃疡等可导致出血，出血量可多可少。
影响因素：年龄不同，对出血的耐受等不同，小儿等可能更易出现贫血等严重后果；生活方式中，过度劳累等可能影响身体状态，导致肠道出血情况变化；有克隆病病史且肠道炎症较活跃的患者，更易发生肠道出血。
表现：可表现为便血，严重时可出现呕血等，同时可能伴有头晕、乏力等贫血相关表现。
肠穿孔
发生情况：较为严重的并发症，多因肠道病变处溃疡加深、穿透肠壁所致。
影响因素：年龄较大的患者身体机能相对较弱，肠穿孔后恢复可能面临更多挑战；生活方式中，剧烈运动等可能诱发肠穿孔；有克隆病病史且肠道病变较严重的患者，发生肠穿孔风险相对较高。
表现：突发剧烈腹痛，随后可出现腹膜炎表现，如腹肌紧张、压痛、反跳痛等。
营养不良
发生情况：克隆病患者因肠道吸收功能受影响，可出现营养不良，尤其多见于长期患病、肠道病变广泛的患者。
影响因素：不同年龄的患者对营养的需求不同，小儿处于生长发育阶段，营养不良影响更大；生活方式中，饮食摄入不足或吸收障碍等可导致营养不良；有克隆病病史且肠道吸收面积减少等情况的患者，易出现营养不良。
表现：可出现体重下降、消瘦、皮肤干燥、毛发干枯等，儿童患者还可能出现生长发育迟缓等。
