营养物质吸收障碍会带来多方面危害，包括引起蛋白质及能量缺乏致体重下降、儿童生长发育迟缓，维生素缺乏引发夜盲症、骨骼畸形、贫血、凝血功能障碍等，矿物质缺乏导致缺铁性贫血、肌肉痉挛，对消化系统造成胃肠道功能紊乱、肝胆系统变化，使免疫系统免疫功能下降，儿童患者还会影响智力发育、出现严重胃肠道问题，老年患者会加重营养缺乏、使抵抗力下降更明显、加重骨质疏松风险
维生素缺乏相关危害
维生素A缺乏：可引起夜盲症，即患者在暗处视力明显下降，还可能导致皮肤干燥、毛囊角化等，这是因为维生素A参与视网膜内视紫红质的合成，缺乏时影响视网膜的正常功能，同时对皮肤上皮细胞的正常分化也有影响。
维生素D缺乏：对于儿童来说，会影响骨骼的发育，导致佝偻病，出现方颅、鸡胸、O型或X型腿等骨骼畸形；成年人则可能引起骨软化症，出现骨痛、骨骼压痛等症状，因为维生素D能促进肠道对钙、磷的吸收，缺乏时钙、磷代谢紊乱，影响骨骼的正常矿化。
维生素B族缺乏：不同维生素B缺乏有不同表现，如维生素B1缺乏可引起脚气病，出现神经系统和心血管系统症状，如感觉异常、肌肉无力、心悸等；维生素B12缺乏可导致巨幼细胞性贫血，表现为面色苍白、头晕、乏力等，还可能影响神经系统，出现手足麻木等周围神经病变。
维生素K缺乏：会影响凝血因子的合成，导致凝血功能障碍，表现为皮肤瘀点、瘀斑，鼻出血、牙龈出血等，严重时可出现消化道出血等情况。
矿物质缺乏相关危害
铁缺乏：可引起缺铁性贫血，出现面色苍白、头晕、乏力、心慌等症状，儿童患者还会影响智力发育和行为改变，因为铁是合成血红蛋白的重要原料，缺铁时血红蛋白合成减少，携氧能力下降，影响各组织器官的正常功能。
钙缺乏：除了前面提到的与维生素D缺乏相关的骨骼问题外，还可能导致肌肉痉挛，尤其是小腿肌肉痉挛较为常见，因为钙参与肌肉的收缩和舒张过程，缺乏时肌肉兴奋性增高。
对消化系统的危害
胃肠道功能紊乱：长期吸收不良会影响胃肠道的正常消化和吸收功能，导致胃肠道功能紊乱，出现腹胀、腹痛、腹泻等症状，腹泻可表现为大便次数增多、大便性状改变，如呈稀水样便等，这是因为肠道的消化吸收功能受损，食物不能被充分消化吸收，刺激肠道蠕动加快。
肝胆系统变化：部分吸收不良综合征患者可能出现肝胆系统的改变，如胆汁淤积等情况，因为营养物质的吸收障碍可能影响胆汁的代谢和排泄等过程，长期胆汁淤积还可能增加胆结石形成的风险，因为胆汁中的成分异常时容易析出结晶形成结石。
对免疫系统的危害
免疫功能下降：由于营养物质吸收障碍，身体缺乏足够的营养来维持免疫系统的正常功能，导致免疫功能下降，患者更容易发生感染性疾病，如呼吸道感染、肠道感染等，因为免疫系统所需的蛋白质、维生素、矿物质等营养物质不足，会影响免疫细胞的生成和功能发挥，使得身体抵御病原体的能力减弱。
特殊人群的特殊危害
儿童患者：除了生长发育迟缓、营养缺乏相关的一系列问题外，还可能影响智力发育，因为长期的营养吸收不良导致大脑缺乏充足的营养供应，影响神经系统的正常发育。而且儿童的胃肠道功能相对较弱，吸收不良综合征对其胃肠道功能的影响可能更为明显，容易出现严重的腹泻、营养不良性水肿等情况，需要特别关注其营养支持和胃肠道功能的维护。
老年患者：老年患者本身身体机能逐渐衰退，吸收不良综合征会进一步加重营养缺乏的状况，导致身体抵抗力下降更为明显，更容易发生并发症，如肺炎等感染性疾病。同时，老年患者的骨骼等组织对钙、维生素D等营养物质的调节能力下降，吸收不良引起的钙、维生素D缺乏更容易导致骨质疏松进一步加重，增加骨折的风险。
