肛瘘主要由肛腺感染引发，正常肛腺位于肛门瓣下方开口于肛窦，肛窦易受损感染并蔓延至肛腺，受年龄、生活方式、病史等因素影响，感染蔓延形成肛管直肠周围脓肿，脓肿破溃或引流后若原发感染源持续存在，感染灶蔓延使管道壁纤维化形成经久不愈具内口、瘘管和外口的肛瘘。
肛腺感染的起始
年龄因素：儿童肛腺相对发达，且肠道屏障功能尚未完全成熟，更容易发生肛窦感染进而累及肛腺。例如，婴幼儿时期若出现腹泻等情况，肠道细菌易侵入肛窦，增加肛腺感染风险。成人也可能因不良排便习惯等导致肛窦损伤感染肛腺。
生活方式：长期久坐、便秘或腹泻等生活方式会影响肛门局部的血液循环和肠道微环境，使肛窦更容易受到损伤和感染。比如，便秘患者排便时需要用力，容易擦伤肛窦；腹泻患者肠道内的细菌和刺激性物质频繁刺激肛窦，都增加了肛腺感染的几率。
病史影响：有肠道炎症性疾病的患者，如克罗恩病等，本身肠道存在炎症反应，更容易发生肛腺的继发感染，从而引发肛瘘。
感染的蔓延扩散
肛腺感染后，炎症会沿着肛腺的导管向周围组织蔓延。首先可在肛管直肠周围形成脓肿，初期脓肿位于肛提肌以下的为低位肛周脓肿，位于肛提肌以上的为高位肛周脓肿。
性别因素：一般来说，男女在肛瘘形成过程中无明显性别差异，但由于女性会阴部解剖结构相对复杂等因素，在某些情况下可能有不同的表现，但根本的感染蔓延机制是相似的。随着脓肿逐渐增大，若未得到及时有效的治疗，脓肿可能会自行破溃或在人为切开引流后，形成外口。
脓肿破溃与肛瘘形成：脓肿破溃或切开引流后，原发感染源肛窦仍持续存在感染，感染病灶不断经管道向周围蔓延，使管道壁纤维化，形成经久不愈的瘘管，即肛瘘。瘘管通常由内口、瘘管和外口三部分组成，内口多位于肛窦，外口则是肛瘘向外排脓的开口，可在肛周皮肤表面形成一个或多个。
总之，肛瘘的形成是一个从肛腺感染开始，逐步蔓延扩散，最终形成具有内口、瘘管和外口的病理性管道的过程，涉及年龄、生活方式、病史等多方面因素的综合影响。
