肛瘘需与肛周脓肿（未破溃期）、藏毛窦、克罗恩病性肛瘘、结核性肛瘘及肛瘘型直肠息肉等疾病鉴别，鉴别需结合症状、病史及影像学特征综合判断。
肛周脓肿（未破溃期）
表现为急性肛周剧痛，局部红肿热痛显著，无反复流脓史，脓肿位置较浅，B超/MRI显示单腔脓腔，无肛瘘内口。若脓肿破溃或切开引流后出现反复流脓、外口，需警惕转为肛瘘。糖尿病患者因免疫力低下易反复发作，老年患者症状可不典型，需结合影像学明确诊断。
藏毛窦
多见于骶尾部，与毛发嵌入、慢性摩擦相关，外口多位于尾骨尖两侧，窦道深浅不一，可呈分支状，无肛门内口。感染时红肿流脓，分泌物含毛发碎屑，病理可见异物反应。窦道造影或MRI显示窦道走行，手术切除窦道可治愈，肥胖人群需注意局部清洁，避免久坐摩擦。
克罗恩病性肛瘘
患者有慢性腹痛、腹泻、黏液血便等肠道症状，病程长，肛瘘多为多发、分支复杂，常伴肛周皮肤溃疡、肛门狭窄。肠镜可见节段性肠道病变（纵行溃疡、铺路石样改变），瘘管造影或MRI显示肠道-肛周多通道，可累及尿道、阴道形成瘘。需长期免疫抑制剂治疗，儿童需评估生长发育指标。
结核性肛瘘
有结核病史或接触史，病程长（数月至数年），瘘管分泌物稀薄呈米汤样，伴低热、盗汗、体重下降。结核菌素试验或γ-干扰素释放试验阳性，分泌物涂片抗酸染色或PCR可查见结核菌，抗痨治疗需12-18个月。糖尿病患者需监测血糖，合并肝肾功能不全者慎用抗痨药物。
肛瘘型直肠息肉
较大息肉脱出肛门时破溃出血，伴少量鲜红色血便，无反复流脓史。指检或肠镜可见息肉（表面光滑或粗糙，有蒂或广基），病理为腺瘤性或炎性息肉，影像学无内口及瘘管。手术切除息肉即可治愈，儿童需排除幼年性息肉病，老年患者需活检排除恶变。
（注：涉及药物仅说明名称，不提供服用指导；特殊人群需结合个体情况调整治疗方案）
