肝囊肿的临床表现因囊肿类型、大小、位置及是否合并并发症而存在明显差异。多数单纯性肝囊肿患者无任何不适症状，多在体检时偶然发现；少数囊肿较大或合并并发症的患者可能出现腹痛、腹部包块、压迫邻近器官症状或感染、出血等表现。
单纯性肝囊肿（最常见类型）：大多数单纯性肝囊肿（占肝囊肿的90%以上）患者无明显症状。囊肿多为单个或多个小囊肿，直径常<5厘米，生长缓慢且长期稳定。患者肝功能正常，无黄疸、腹水等表现，日常饮食及生活不受影响，多因体检（如超声检查）发现囊肿存在。此类患者无需特殊治疗，定期（每年1次）超声复查监测囊肿大小即可。
囊肿较大或位置特殊导致的压迫症状：囊肿体积较大（直径>5厘米）或位于肝门、肝表面等关键位置时，可能压迫邻近组织。压迫胃肠道可引起上腹胀满、食欲减退、恶心呕吐；压迫胆道时出现梗阻性黄疸（皮肤巩膜黄染、尿色加深）；肝膈面大囊肿向上压迫膈肌，引发呼吸时隐痛或不适。部分患者可触及右上腹表面光滑、质地柔软的囊性包块，包块随呼吸移动。
囊肿合并并发症的表现：囊肿可因感染、破裂、出血等出现并发症。感染时突发右上腹疼痛、发热，血常规可见白细胞及中性粒细胞升高；破裂时突发剧烈腹痛、腹肌紧张，伴腹膜炎体征；出血时右上腹剧痛、贫血，严重时休克。寄生虫性肝囊肿（如棘球蚴病）可出现囊肿增大、过敏反应（皮疹、瘙痒），还可能合并胆瘘、感染等严重并发症。
特殊类型及特殊人群肝囊肿表现：先天性肝囊肿（多为多发性，常合并多囊肝）多见于青少年，囊肿随年龄增长逐渐增多增大，可能累及大部分肝脏，需警惕肝功能损伤或门静脉高压。后天性肝囊肿（如创伤性、炎症性）多为单个，增长快，短期内可出现症状。婴幼儿肝囊肿罕见，多为先天性，需警惕梗阻性黄疸；孕妇因激素变化及子宫增大可能加重症状，需定期监测；老年患者需与肝恶性肿瘤鉴别；合并糖尿病、免疫缺陷者感染、出血风险高，应加强随访。
