慢性结膜炎一般无法完全自愈，其病程长短因病因、严重程度及个体差异而异。由明确过敏原或环境刺激引发的慢性结膜炎，若及时脱离诱因并改善用眼环境，多数患者在4周内症状减轻，6-8周可基本缓解；而感染性或合并基础病的慢性结膜炎，通常需医疗干预以缩短病程，单纯依赖机体免疫力恢复时间往往更久。
由明确过敏原（如花粉、尘螨）或环境刺激（如空气污染、长期揉眼）引起的慢性结膜炎，若及时脱离过敏原并改善用眼环境（如戴护目镜、使用加湿器），多数患者在4周内症状减轻，6-8周可基本缓解。此类情况中，避免接触诱因是关键，儿童因免疫系统尚未成熟，对过敏原刺激反应更持久，恢复时间可能延长至12周内，但需持续监测症状变化，若出现眼痛加剧或分泌物增多，需及时就医。
细菌感染（如葡萄球菌性）、衣原体感染（如沙眼衣原体）或慢性睑缘炎引发的慢性结膜炎，因病原体持续存在，单纯依靠机体免疫力难以自愈，病程通常持续2-3个月以上，需通过抗生素、人工泪液等药物干预。儿童需在医生指导下使用低浓度抗生素，避免长期使用导致耐药性；老年人因泪液分泌减少，恢复时间可能延长至3个月以上，用药需兼顾全身基础病，防止药物相互作用。
老年患者因眼表泪液分泌减少、免疫力下降，合并高血压、糖尿病等基础病时，慢性结膜炎恢复时间延长至3-6个月，且易反复。孕妇因激素变化泪膜稳定性降低，可能加重症状，建议优先通过冷敷、无防腐剂人工泪液缓解，避免自行使用含激素的眼药水；过敏体质者若合并其他过敏性疾病（如哮喘），需同时控制全身过敏反应，否则局部症状易反复，恢复周期延长至6周以上。
合并干眼症的慢性结膜炎，因泪液不足无法有效冲刷病原体或过敏原，病程可能持续6个月至1年，需同时使用人工泪液（如玻璃酸钠）维持眼表湿润，配合抗炎治疗（如环孢素滴眼液）。既往有眼部手术史或角膜病变者，慢性结膜炎可能诱发角膜损伤，需更早干预，建议在明确诊断后制定个性化方案，避免视力下降。
