蝇蛆病判断需依据临床症状表现，如皮肤有瘙痒、游走包块等，眼有异物感等，胃肠道有腹痛腹泻等，询问是否接触蝇类孳生环境，通过实验室检查，皮肤取材镜检、眼部检查找蝇蛆、粪便检查找蝇蛆，还需考虑儿童因好奇易接触脏污需关注皮肤眼部，免疫低下人群症状不典型需细致检查。
一、临床症状表现判断
（一）皮肤蝇蛆病表现
皮肤蝇蛆病较为常见，患者皮肤局部可能出现瘙痒感，随后可出现游走性的包块，包块处皮肤表面可能有小孔，偶尔能看到蝇蛆蠕动情况，不同蝇种寄生引发的皮肤蝇蛆病表现可能有细微差异，但总体以皮肤局部异常感觉及可见包块为典型表现。
（二）眼蝇蛆病表现
眼蝇蛆病患者会感觉眼部有异物感、瘙痒、流泪等症状，用肉眼可能观察到眼部有蝇蛆存在，患者眼部会有明显不适且可能影响视力，需及时检查眼部情况。
（三）胃肠道蝇蛆病表现
胃肠道蝇蛆病患者可能出现腹痛、腹泻等消化系统症状，部分患者可能在粪便中发现蝇蛆幼虫，且会伴有不同程度的消化功能紊乱表现。
二、接触史询问
需详细询问患者是否有接触蝇类孳生环境的情况，比如是否在卫生条件差、有腐败有机物堆积（如垃圾场、腐烂肉类附近等）的场所停留过，是否有接触过可能被蝇卵污染的食物或物品等，因为接触蝇类相关环境是感染蝇蛆病的重要诱因。
三、实验室检查辅助判断
（一）皮肤蝇蛆病实验室检查
对于皮肤蝇蛆病，可对皮损处进行取材，通过显微镜镜检来发现蝇蛆幼虫，这是明确皮肤蝇蛆病的重要实验室依据，能直接观察到致病的蝇蛆形态。
（二）眼蝇蛆病实验室检查
眼蝇蛆病可通过眼部检查，如用裂隙灯等设备检查眼部，能发现眼部的蝇蛆幼虫，从而确诊眼蝇蛆病。
（三）胃肠道蝇蛆病实验室检查
胃肠道蝇蛆病可进行粪便检查，通过对粪便样本进行涂片、镜检等操作，查找其中的蝇蛆幼虫，以此来判断是否存在胃肠道蝇蛆病。
四、不同人群特点考虑
（一）儿童人群
儿童由于好奇心强，更易接触到脏污环境，需特别关注儿童皮肤及眼部情况，儿童皮肤相对娇嫩，蝇蛆寄生引发的皮肤包块可能更易被忽视，要仔细检查儿童皮肤有无异常包块及蠕动情况，眼部也要定期检查是否有异物感等异常表现。
（二）免疫低下人群
免疫低下人群感染蝇蛆病后，症状可能不典型，需更细致全面地进行检查，因为其自身免疫防御能力弱，蝇蛆感染后表现可能不如常人明显，要通过多种检查手段综合判断是否存在蝇蛆病。
