玛卡可能存在多方面副作用，对内分泌系统可致激素波动、加重内分泌疾病病情；对消化系统可引起不适、加重胃肠道疾病；对神经系统可致头痛头晕、加重神经系统疾病症状；对心血管系统可致血压波动、加重心血管疾病病情；孕妇、哺乳期女性、儿童及患有特定疾病人群需特别注意，不建议服用玛卡。
有研究表明，玛卡可能会影响内分泌系统。例如，部分人群服用玛卡后可能出现激素水平的波动。玛卡中的某些成分可能干扰人体正常的激素调节机制，对于本身存在内分泌疾病的人群，如甲状腺疾病患者等，可能会加重病情或影响疾病的治疗效果。因为甲状腺疾病患者的激素平衡已经受到一定影响，玛卡的成分可能进一步打破这种脆弱的平衡状态。
对消化系统的影响
一些人在服用玛卡后会出现消化系统不适的情况，如胃部不适、恶心、呕吐等症状。这可能是由于玛卡中的某些成分对胃肠道黏膜产生刺激作用。对于本身有胃肠道疾病，如胃炎、胃溃疡的人群，服用玛卡可能会使原有的病情加重，因为胃肠道黏膜在患病状态下较为敏感，玛卡的刺激可能引发更强烈的不适反应。
对神经系统的影响
个别使用者在服用玛卡后可能出现神经系统方面的症状，如头痛、头晕等。这可能与玛卡对神经系统的作用有关。对于有神经系统基础疾病的人群，如偏头痛患者，服用玛卡后头痛症状可能会加重，因为玛卡的成分可能影响神经系统的正常功能，进而诱发或加重原有的神经系统症状。
对心血管系统的影响
有研究发现，玛卡可能对心血管系统产生一定影响。例如，可能导致血压波动。对于本身有高血压、冠心病等心血管疾病的人群，服用玛卡需要格外谨慎，因为血压的不稳定可能会加重心血管疾病的病情，增加心血管事件发生的风险。高血压患者本身血压调节机制存在异常，玛卡可能干扰这种调节，从而引发不良后果。
特殊人群需特别注意
孕妇和哺乳期女性：目前缺乏足够安全的研究数据表明玛卡对孕妇和哺乳期女性是完全安全的。为了避免可能对胎儿或婴儿产生未知的不良影响，孕妇和哺乳期女性不建议服用玛卡。
儿童：由于儿童的身体各个系统尚未发育成熟，玛卡对儿童的影响尚不明确，为了保障儿童的健康，不建议儿童服用玛卡。
患有特定疾病的人群：除了上述提到的内分泌、消化、神经、心血管系统疾病患者外，如自身免疫性疾病患者等，服用玛卡可能会影响免疫系统的平衡，进而加重病情，这类人群也应避免服用玛卡。
